股改固然解决了我国资本市场诸多制度性问题，但还有一些股改未能涉及因而仍然存在的问题，例如多层次资本市场建设问题、提高上市公司质量问题、投资者保护问题等。

　　上市公司是资本市场发展的基石，为此，中国证监会推出了一系列有利于提高上市公司质量的改革。

　　2001年8月，中国证监会发布《关于在上市公司建立独立董事制度的指导意见》。

　　2004年，中国证监会改变跨区域监管体制，实行按行政区划设置监管局，实施“属地监管、职责明确、责任到人、相互配合”的辖区监管责任制，并初步建立了与地方政府协作的综合监管。

　　2005年11月，国务院批转中国证监会《关于提高上市公司质量的意见》，明确完善法人治理结构，着力解决影响上市公司质量的突出问题，包括切实维护上市公司的独立性，严禁侵占上市公司资金，坚决遏制违规对外担保，规范关联交易，禁止编制虚假财务会计信息。

　　2006年，中国证监会出台严格限制控股股东及其他关联方占用上市公司资金的规定，实行以股抵债试点，会同地方政府和有关部门全面开展清欠。与此同时，立足于长效机制建立，防止前清后欠，《刑法》中也增加了“侵占上市公司资产罪”的规定，加大了对大股东和实际控制人侵占上市公司资产行为的责任追究力度。截至2006年底，已有399家公司完成清欠或进入清欠程序，涉及资金占用问题的上市公司家数和占用金额同比分别下降 93%和84%。控股股东和实际控制人占用上市公司资金问题基本解决。

　　2007年2月，中国证监会颁布《上市公司信息披露管理办法》，进一步完善信息披露规则和监管流程，提高上市公司信息披露及监管的有效性。

　　此外，中国证监会集中力量查办了“琼民源”、“银广夏”、“中科创业”、“德隆”、“科龙”、“南方证券”、“闽发证券”等一批大案要案，2003年-2007年，中国证监会共办理案件736件，移交公安机关104件，作出行政处罚212件，180家单位和978名个人受到处罚，165名责任人被市场禁入。

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