必看!CRISPR工具包的高效DNA提取protocol

必看!CRISPR工具包的高效DNA提取protocol
2023年06月16日 12:00 市场资讯

转自:优宁维抗体专家

哇塞

为了评估CRISPR系统的编辑效率,一般会在96孔板中培养细胞,用于基因分型验证,大量的DNA纯化工作即将到来......

小优经过调查,发现各位科研工作者们都在使用一种快速且高效的细胞DNA提取试剂,据说一个96孔板的DNA提取只要15min!

准备好了嘛?一起进入快速提取的新时代!

prepGEM  Universal DNA提取是低数量细胞的理想选择,仅需15min即可纯化得到细胞DNA。

01

样本制备

1. 悬浮细胞:将承载细胞的整个载体放在离心机中,200RCF离心5min,去除掉培养基等液体,将细胞重悬在prepGEM试剂中。

2. 贴壁细胞:如果细胞在培养瓶中,首选的方法(胰蛋白酶或细胞刮板)消化细胞,200RCF离心5分钟。或可以将prepGEM提取液直接添加到细胞中;去除掉培养基等液体,将细胞重悬在prepGEM试剂中。

*prepGEM试剂对EDTA和其他螯合剂敏感。如果细胞呈现在含有edta的溶液中(如用于分离贴壁细胞的胰蛋白酶-edta),应在200 RCF离心,提取前在1X BLUE buffer中洗涤。

02

DNA提取流程

1. prepGEM适用于广泛的细胞数量,5-10w个细胞产量具有线性化,针对不同的细胞数量,添加的试剂盒终体积均有不同,请按照下表的细胞数量添加对应buffer。

2. 涡旋后放入PCR仪或其他加热模块中加热。

-

Cell Numbers Pellet

Time

75℃

>50,000 cells

10min

1000-50000 cells

5min

<1000 cells

2min

95℃

5min

3. 样本完成以上程序即可进行下游使用。

4. 如需要保存,将DNA保存在-20℃。

03

PrepGEM试剂的流程看起来很简单,

除此之外还有什么优势呢?

●15min完成DNA纯化

● 无抑制剂的试剂意味着没有苛刻的化学清洗或多个步骤

● 单管提取可以保证样本的完整性

● 简化的工作流程节省了准备时间,降低了实验室成本,并显著减少了危险废物和塑料废物对环境的影响

Reference

1. Munck C, Sheth RU, Freedberg DE, Wang HH (2020) Recording mobile DNA in the gut microbiota using an Escherichia Coli CRISPR-Cas spacer

acquisition platform. Nature Communications 11, no. 1, 7. https://doi.org/10.1038/s41467-019-14012-5

2. Ho HI, Fang J, Cheung J, and Wang HH (preprint 2020) Programmable and portable CRISPR-Cas transcriptional activation in bacteria. bioRxiv https://doi.org/10.1101/2020.01.03.882431.

3. Zhang Y, Schmid B, Nielse TT, Neilse JE, Clausen C, Hyttel P, Holst B, Freude KK (2016) Generation of a human-induced pluripotent stem cell line

via CRISPR-Cas9 mediated integration of a site-specific heterozygous mutation in CHMP2B. Stem Cell Research 17: 148-150. http://dx.doi.org/10.1016/j.scr.2016.06.004

4. Yang L, Yang JL, Byrne S, Pan J, Church GM (2014) CRISPR/Cas9-Directed Genome Editing UNIT 31.1 of Cultured Cells. Current Protocols in

Molecular Biology 31.1.1-31.1.17. DOI: 10.1002/0471142727.mb3101s107.

5. Yang L, Grishin D, Wang G, Aach J, Zhang C, Chari R, Homsy J, Cai X, Zhao Y, Fan J, Seidman C, Seidman J, Pu W, Church G (2014) Targeted and genome-wide sequencing reveal single nucleotide variations impacting specificity of Cas9 in human stem cells. Nature Communications

5:5507, https://doi.org/10.1038/ncomms6507.

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