诺奖2024|解读:miRNA与众多疾病相关,药物为何难落地?

诺奖2024|解读:miRNA与众多疾病相关,药物为何难落地?
2024年10月10日 13:27 澎湃新闻

·一个miRNA可能有很多个靶点,一个疾病的靶点可能由很多个miRNA来调控。它和疾病调控的关系是“一对多”或“多对一”。所以miRNA治疗疾病不能像免疫治疗、抗体治疗那样精准。miRNA的治疗容易产生脱靶效应或副作用。如何将miRNA精确、有效地递送到特定组织也亟待解决。

北京时间10月7日,瑞典斯德哥尔摩卡罗林斯卡学院(Karolinska Institute)的诺贝尔大会宣布,将2024年诺贝尔生理学或医学奖授予美国马萨诸塞大学医学院(University of Massachusetts Medical School)的维克多·安布罗斯(Victor Ambros)和美国哈佛医学院(Harvard Medical School)的加里·鲁夫昆(Gary Ruvkun),以表彰他们发现了microRNA(简称miRNA)及其在转录后基因调控中的作用。

10月7日,在瑞典斯德哥尔摩举行的2024年诺贝尔生理学或医学奖公布现场,屏幕显示奖项得主美国科学家维克托·安布罗斯(左)和加里·鲁夫昆(右)的照片。图片来源:新华社

一些人对这个消息感到惊讶,其中也包括安布罗斯本人。2006年,安德鲁·法尔(Andrew Fire)和克雷格·梅洛(Craig Mello)因在RNAi(RNA干扰,指某些双链小RNA能够沉默基因表达的现象)领域做出的贡献而获得诺贝尔生理学或医学奖,安布罗斯觉得RNAi涵盖了miRNA。也有人表示质疑,《新英格兰医学杂志》(NEJM)发表评论称,“尽管miRNA被发现与众多疾病相关,甚至成为生物医学类论文造假重灾区,但目前以miRNA通路为靶点的治疗药物仍处于早期阶段。”

RNAi和miRNA有何联系和区别?基于miRNA的药物为何迟迟未出现?两位诺奖得主“奇怪”的科研生涯给人何种启示?近日,澎湃科技采访了上海交通大学特聘教授、上海市第一人民医院临床研究院执行副院长王宏林,和北京大学未来技术学院博雅特聘教授、分子医学研究所所长汪阳明。

【对话】

“miRNA早就应该获诺奖了”

澎湃科技:你怎么评价microRNA获得诺奖?你能想到这个发现今年获奖吗?

王宏林(上海交通大学特聘教授、上海市第一人民医院临床研究院执行副院长):安布罗斯和鲁夫昆的发现揭示了一种全新的生命体基因调控原理,是生物医学领域的最为重要的里程碑之一。1993年12月3日,安布罗斯和鲁夫昆“背靠背”在知名期刊Cell发表了他们各自课题组在线虫lin-4基因“编码”小RNA具有antisense RNA-RNA拮抗作用(转录后调控)及机制的论文,揭示了上述发现。安布罗斯1993年的Cell文章迄今为止被引用18413次,而鲁夫昆1993年的Cell文章至今被引用5651次。这是非常高的引用率,足以说明其发现影响力之大。在PubMed(生物医学文献数据库)上以“microRNAs”为关键词搜索,会发现发表的相关论文有173803篇,这样的数据足够说明microRNAs发现的重要性,以及在各个领域的广泛应用。因此,我认为安布罗斯和鲁夫昆获得诺贝尔生理学或医学奖并非意外。

只不过他们今年拿到诺奖,我没有想到。我们以为今年CAR-T(嵌合抗原受体T细胞)有可能获奖。诺奖有自己的评选标准,miRNA多年来反复被提名,获奖是迟早的事情。他们的发现是被写在教科书上,写在人类科学史上的发现。CAR-T也许会排排队,随着临床应用的进一步推进和确认,获奖或许也是迟早的事情。

其实安布罗斯和鲁夫昆的发现早就应该获得诺奖了。为什么到现在才获奖呢?1993年发现的第一个miRNA“lin-4”只在线虫中发现,在其他物种中还没有被证实存在,而且当时只发现了这一个miRNA,因此科学界认为它不具有普遍的调控意义。另外,早在1984年,一生致力于antisense RNA(反义RNA)研究的美国科学家Harold Weintraub就发现了RNA干扰现象(RNA interference,简称RNAi,是一种具有双链结构的非编码小RNA干扰并沉默靶基因表达的现象)。1993年,RNAi已经被很多实验室广泛用来沉默基因,学术界可能认为miRNA与RNAi有重叠之处,两者都通过小RNA来调控基因表达。还有,在调控机制上miRNA的发现当时有很强的前瞻性,因此并未引起很多科学家的重视。此后一段时间,miRNA的相关研究基本处于停滞状态。我在PubMed上查,1993年到2000年以microRNAs为关键词的研究论文一篇都没有。

直到2000年,事情迎来了转机——鲁夫昆实验室在线虫中发现了第二条miRNA“let-7”,这是一条具有21个核苷酸长度的非编码miRNA,通过靶向lin-41基因的3’ UTR降低 lin-41的表达,与lin-4的调控机制相同。鲁夫昆又证明了let-7在物种中的保守性,它在果蝇、斑马鱼、海胆和人类中都有表达。这以后,很多其他的科学家也开展了相关的研究,发现miRNA在哺乳动物中广泛存在。迄今为止,随着现代测序技术的发展,科研人员已经发现了1000多个miRNA。

汪阳明(北京大学未来技术学院博雅特聘教授、分子医学研究所所长):miRNA在今年获得诺奖,其实我是比较惊讶的。很早以前我就觉得安布罗斯和鲁夫昆应该拿诺奖了,但随着时间的推移,这种期望慢慢归于平静。2006年,RNAi获得诺奖,实际上和miRNA调控基因的机制有些相通。所以我一直觉得可能要等到miRNA在应用上取得重大突破——比如基于miRNA做成一种药,治愈了人类的某些疾病,或者在某个场景下发挥了重大的作用(比如mRNA在新冠疫情中发挥了重大作用),它才会获得诺奖。但是沉下心来去想,我觉得miRNA是值得的。他们做出这个发现是在1993年,那时大家对基因的理解还不深入,认为它就是蛋白质。他们的发现一下子把这个观念打破了,改变了大家对基因的认识——影响线虫重要表型(细胞增殖)的东西不是蛋白质,而是小得不能再小的RNA。

澎湃科技:安布罗斯说自己也没想到会获奖,因为2006年RNAi获得诺奖,他觉得已经涵盖了miRNA。miRNA和RNAi有什么区别?和2020年获得诺奖的mRNA又有什么区别?

王宏林:RNAi获得诺奖后,miRNA再次获得诺奖,说明miRNA的独特性仍然值得认可。生物体内的核糖核酸(RNA)分为两种:一种是参与编码蛋白质的RNA,能指导合成蛋白质的信使RNA(mRNA);另一种是不能编码蛋白质的RNA,即非编码RNA。miRNA正是非编码RNA中的一种。由于它的长度很短,仅有21-23个核苷酸组成,因此被称作微小RNA(miRNA)。

如安布罗斯所说,miRNA干扰mRNA的方式实际上涵盖在RNAi中。miRNA和RNAi(如siRNA)都是通过小片段RNA介导的基因表达调控。但它们的机制和生物学意义有所不同。RNAi一般为外源性(也就是体外合成)双链RNA,通过完全互补结合特定mRNA,导致mRNA的完全降解,因此具有更强的靶向性。miRNA则是内源性产生,通常通过部分互补结合到靶mRNA的3'非翻译区(UTR),抑制其翻译或导致轻度降解。单个miRNA可调控一组mRNA,因此通常影响多个基因和通路,在更广泛的生物过程中扮演调控角色。miRNA在生命体中的调控机制具有非常强的创新性。

RNAi和miRNNA都干扰mRNA,RNAi被发现的时候,科学界还不知道生命体内源性会产生具有基因调控作用的miRNA。由于是内源性产生的,从进化论的角度来说miRNA在基因表达或疾病的调控方面更具科学性,而RNAi的方法相对人工化。将来我们做RNA干扰时,希望这两种方式都可用。基于这两种方法产生的产品目的基本上是一样的。

miRNA与mRNA是“药与靶”的关系,如果把miRNA看作“药”,mRNA就是“靶”。miRNA通过与靶向mRNA的互补配对而在转录后水平上对基因的表达进行负调控,导致mRNA的降解或翻译抑制。

为何药物迟迟不落地?

澎湃科技:大家对miRNA也有一些疑问。比如它和很多疾病相关,但是还没有临床产品。你对此怎么看?

王宏林:我想大家说的“还没有临床产品”,是指尽管miRNA与许多疾病(如癌症、神经退行性疾病等)密切相关,但还没有成功应用于临床治疗的产品。如果人体内的miRNA高了或低了,我们可以在体外合成miRNA,递送进体内,或者合成小RNA片段拮抗miRNA,抑制特定miRNA的功能,从而起到治疗的作用。目前,能发挥这样作用的候选药物分子有处于临床Ⅱ期阶段的,但真正已经运用到临床的还不多见。2000年,这个领域的文章数量有5篇,然后不断上升,2021年达到顶峰,发表了约2万篇,之后一直下降。原因可能就在于没有临床上对疾病治疗的应用,大家的热情冷却下来了。

若要将miRNA作为一种药物,路还很漫长。原因有很多。首先,miRNA的调控比较复杂。一个miRNA可能有很多个靶点,一个疾病的靶点可能由很多个miRNA来调控。也就是说,它和疾病调控的关系是“一对多”或“多对一”。所以miRNA治疗疾病不能像免疫治疗、抗体治疗那样精准、简单。也是因此,miRNA的治疗容易产生脱靶效应或副作用。此外,递送系统是一个技术难题,如何将miRNA精确、有效地递送到特定靶组织亟待解决。

我认为未来基于miRNA的治疗或许不是我们关注的重要发展方向。因为人体有1000多个miRNA,阻止单一的miRNA的功能,可能有别的miRNA会补偿性发挥同样的功能,增加了针对特定靶点治疗疾病的复杂性。我们课题组做过一些探索,发现一个特定基因能够同时调控30-40个miRNA的转录,从结构上推测,这30-40个miRNA均可调控一种疾病的发生和发展。也就是说靶向操纵某个特定基因,可以调控30-40个miRNA的表达,实现对一种疾病的治疗。通过RNA干扰的方法抑制某个基因的mRNA表达,将来有可能成为疾病治疗的一种方法。但它并不直接靶向miRNA。

现在基于miRNA的诊断方法已经有很多应用。比如肿瘤细胞会分泌外泌体,其中就包含miRNA,因此某些miRNA可以用于肿瘤转移、肿瘤恶性程度,或肿瘤的早期诊断。另外,循环miRNA可以用于心血管疾病、肾病和神经退行性疾病的诊断。未来miRNA在疾病的早期诊断会是一个重要的产品开发方向。

汪阳明:很多科学家,包括我一开始进入这个领域时,其实对miRNA的应用抱有很大的期望。为什么呢?第一,miRNA是自然界演化了亿万年的产物,毒性小。第二,随着化学合成技术的提高,合成小RNA是很容易的事情,所以它可以被大规模应用。基于miRNA开发的诊断试剂盒,很多已经在临床上应用了。但这么长时间里,我们还没有得到一个基于miRNA的药物,我也没想到。

我觉得可能有三个原因:其一,开发任何一个药物都非常困难,本来就需要很长时间。除非遇到新冠这样特殊的时期,或者某种疾病无药可治,不得不投入资源快速形成药物。其二,siRNA药物大获成功,现在已经有6款药物获批,很多人觉得用外源引入的小RNA做药就可以,不需要找细胞里表达的miRNA。其三,对于制药行业来说,一般作用机制越清楚越好。RNAi的作用机制非常清楚,因为它就是针对某个基因设计的。但大家还不知道miRNA具体是如何起作用的,它靶向很多个基因。不过它的劣势正好也是优势,它可能抑制很多个基因,这样一种网络形式的微调,也许能有更佳的疗效。如果多个基因受miRNA调控,miRNA又在某种疾病中异常表达,那么miRNA就成为靶点。而开发RNAi的产品依赖于某一个明确的基因,所以很多产品都针对遗传性疾病。

现在不好预测miRNA对哪些疾病的治疗更有优势。即使它不能直接形成药物,在再生生物学中可能会有用途。过去有人发现,把miRNA和其它基因放在一起,可以帮助把细胞变成多能干细胞,相当于重编程,有些甚至能把纤维细胞变成神经细胞,将来可以用来治疗疾病。如果说是在疾病上的直接应用,韩国有个公司在用miRNA促进胰岛细胞的增殖和分化,有可能治疗糖尿病。过去还有一些公司在开发肝脏纤维化、丙型肝炎、心衰等疗法。

澎湃科技:未来miRNA研究领域还有哪些发展方向?

王宏林:miRNA领域还有很多值得探索的方面,包括:1、miRNA前体编码多肽的研究。miRNA前体作为传统认为不具备编码能力的RNA分子,最近研究发现其也具有编码多肽的能力。我们课题组从2009年起研究microRNA,从开始的“非编码”到发现microRNA的前体“编码”多肽或蛋白用了15年时间,发表了5篇代表性论文。我们研究发现:非编码RNA编码的多肽具有很强的免疫调节功能,是潜在新药分子,是miRNA的2.0版本。我们发现非编码RNA编码的多肽有望治疗神经退行性疾病,在自身免疫性疾病领域也有很好的治疗价值,比如治疗慢性炎症,包括关节炎、炎症性肠病、红斑狼疮、银屑病、多发性硬化症等。此外,在机制上miRNA前体何时成为多肽,何时成为miRNA及多肽表达的新调控方式,在人体生理和病理中的作用有待研究。

2、更精准的功能解析。探索miRNA在细胞内的更具体作用机制,尤其是在复杂疾病中的角色。

3、递送技术的突破。如何有效、精准地递送miRNA或其抑制剂到特定的组织或细胞,是当前研究的重点。

4、多样化的临床应用。miRNA在诊断(如循环miRNA,外泌体RNA)、预后以及治疗中的潜力仍有待发掘,尤其是如何将其转化为具体的临床工具。

汪阳明:这个领域还有很多有意思的发展方向。第一,作为诊断和疾病治疗的方向仍然要继续研究,如何找到它合适的用途,比如作为标记物,或作为药物,我觉得手段要创新;第二,基础科学当中也有一些问题需要解决。比如miRNA对基因的调控受到环境、细胞状态等影响,这些因素是如何参与其中的?第三,miRNA是不是影响人体内细胞和细胞之间通讯的分子,很多人做这个方向的研究,但需要更严谨的研究。第四,miRNA的作用方式真的是这样的吗?也许有一天,它通过网络(多个基因)起作用的模式就会被推翻。可能它是通过一个很奇怪的东西起作用。

让踏踏实实做科研的人都好好做下去

澎湃科技:大家很容易就把诺奖这样的奖项归功于个人的天才。安布罗斯在获得拉斯克奖的获奖感言里说,他觉得科学是由普通人完成的,还是由团队完成的。如何理解他这个观点?

王宏林:安布罗斯能获得诺奖,和他博士阶段及博士后阶段所在的实验室有很大的关系。他的博士导师戴维·巴尔的摩(David Baltimore)是诺奖得主,博士后导师鲍勃·霍维茨(Bob Horvitz)也是诺奖得主,安布罗斯的这次诺奖工作最早也是源自于其博士后导师。诺贝尔奖获得者更多地出自于诺贝尔奖获得者实验室,因为他们在自己科学研究领域有更优质的平台,有更好的眼光和更高的起点。鲁夫昆博士后的导师也是霍维茨,他们研究的方向都是秀丽线虫的发育过程,在博士后阶段就有了很好基础和启发。安布罗斯和都鲁夫昆站在巨人的肩膀上,如果是一个普通科研人员,很难获得这样的资源。

诺贝尔奖很重要,代表研究的前瞻性,但可遇不可求。作为普通科研人员,尤其是生物医药领域的研究人员,我认为聚焦于解决临床问题很重要,从临床上发现病人亟待解决的问题,把实验室基于临床问题的研究成果拿出来与生物医药公司合作,形成产品来解决病人的疾苦,我觉得这是我们要走的路。

安布罗斯认为科学进步不是依赖天才,而是由普通人组成的团队共同完成的,这种观点在现代科学界尤为重要。科学研究的复杂性往往需要跨学科合作,团队的力量不可忽视。他的这种观点提醒我们要注重团队合作和跨领域交流,而不是单打独斗。每个人在团队中都能发挥特长,共同推动科学发现。

天资很重要,但是科学研究更需要团队、需要勤奋、需要坚持。我前同事李宇教授,博士也毕业于安布罗斯目前就职的美国马萨诸塞大学医学院。他告诉我,该医学院成立了一个专门从事RNA研究的研究所, 2006年诺奖获得者克雷格·梅洛(Craig Mello)就在这个研究所工作。该研究所引进了安布罗斯开展miRNA的相关研究,一开始别人不认可他的工作,安布罗斯一度没有科研经费,用二手设备做实验。下面提供几张安布罗斯获得诺奖后和学生及他爱人的照片(李宇教授提供)。

汪阳明:不管一个人多伟大,TA的观察和观点都不会是全面的。安布罗斯是一个聪明人,并不是任何一个人在他当时的处境下,都会做出继续研究miRNA的决定,很多人可能就退出了。我很认可他说的团队很重要,对于我们生物学的研究团队来说,这一点尤其重要。我不是特别认同对天才和普通人的区分。“天才”和“普通人”都是相对的概念,把获得诺贝尔奖和没有获得诺贝尔奖的科学家放在一起,你可能认为前者是天才,后者是普通人;在那些没有获得诺贝尔奖的科学家中,你可能又认为出身名校的是天才,其他是普通人。社会应该做的是让想踏踏实实做科研的人,不管天才还是普通人,都能好好地做下去,不要功利,不要贴标签。

我认为做科学需要具备三个特征:有创造性、诚实、扎实。诚实就是不要造假;扎实就是发现一个问题之后一步一步地去证明自己的假设,获得令人信服的结论。有创造性的发现是每一个基础研究科学家都有的渴望,我们都希望有一天做出一个发现,把所在领域大大向前推进一步。有时候我看到别人发表的一篇论文,会有种痛恨自己的感觉——为什么TA想到了,我没想到。我想这就是有创造性的发现。这样的发现需要运气,也需要认知的改变。很多重大的科学发现,都默默无闻了很多年,没有立即被当时的科学界认可。相信在今天,也有很多发现是被忽视的。

有创造性的想法是一件很难的事,因为每个人都会受到经历、眼界、资源的限制。如果非常功利地对待创新,是不可能产生创新的。另一方面,创新发现需要文化土壤,中国科学文化发展的时间还不够长。当然中国发展到今天这样的程度,也不是任何一个国家都能做到的,我们现在正在做的科研,科研的硬件设施和环境都很好,下一步就是做出创新的发现。

澎湃科技:鲁夫昆有一个特别的经历:本科毕业后没有直接升学,先去植树公司工作,然后游遍南美洲。用现在的话讲就是gap(间隔)了两年。我们现在常提到学术界“卷”,在这样的环境下,很多年轻人疑问能不能gap。你对这个问题怎么看?

王宏林:鲁夫昆的经历显示了个人探索与反思的价值,这在现代社会中,尤其是高度竞争的学术环境中,显得弥足珍贵。人生任何积极成长的经历,哪怕跟科研不相关,对创新性思维、坚持科学的态度、持之以恒的决心的形成都有帮助。很多时候跳出象牙塔,看问题会更加清楚。有句老话是“读万卷书,不如行万里路”,很多科学灵感存在于自然界、存在于生活中,存在于和人的交流之中。“死读书”往往不利于做出大科研。尽管学术界“内卷”现象普遍,年轻人可以在适当时候选择gap来调整心态、拓展视野、获取新经验。gap年可以帮助人们重新思考自己的兴趣与未来规划,不一定会影响学术生涯、科学生涯,反而可能带来新的动力与灵感。关键是个人如何把握好这个时间,做真正有意义的探索。

交叉的学科经历也很重要。鲁夫昆还学过农业,准备提高植物的抗虫性和产量。但是现在很多团队沉迷于自己的小圈子,没有真正跳出来。这或许和我们小时候受的教育有一定的关系,一些人从小被教育“两耳不闻窗外事,一心只读圣贤书”,其实应该鼓励小孩子多做学习之外的事。

汪阳明:年轻的时候想做什么就去做,说不定会有意外的收获。想gap但是做不到,一个重要的原因是家庭不支持。年轻人面临很多期望,比如毕业后几年内应该找一个好工作,结婚生孩子。这种期待在各个国家都有。为什么有人能gap,是因为自己有意愿,过去又有积蓄。要不要gap,其实是个人的选择。可能有人觉得gap之后再回到科研是一件很难的事,其实也不是。我的导师在大学毕业后先去了高中教书,后来觉得不好玩,考到威斯康星大学做博士,后来又在哈佛大学获得医学学位。最后他没有当医生,而是做了科研,因为他觉得最有意思的还是科研。无论做什么事情,都要靠内驱力。

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