首先，如果允许基金及基金持有人同时参与配售，那么，基金持有人在新股配售中享受的优惠就包含了两部分：一是基金可按持有的股票市值参与新股配售，获得基金净值的增长；二是基金持有人可按其持有的基金市值获得配售新股的权利，获取新股申购收益。这就是封闭式基金的“双重配售权”。在目前一级市场存在无风险收益的情况下，这显然对于持有股票的投资者有失公允。并且，由于双重配售，配售的中签率自然会下降，这使得其他投资者的利益会受到一定影响。

　　其次，不同基金的持有人之间会出现不平等待遇问题，这使得国内开放式基金的试点会受到较大冲击。这恰恰是目前与2000年存在重大差异的地方。理论上讲，如果基金持有人被允许参与新股配售，开放式基金持有人也应该可以凭基金市值参与新股配售。但是，由于开放式基金结算系统是银行，而股票与封闭式基金的结算系统是中央登记结算公司，因此在现实操作中允许开放式基金持有人直接凭其基金市值参与新股配售基本不可能。显然，取消开放式基金持有人按基金“市值”配售新股的权利，必会造成开放式基金与封闭式基金之间的不公平，对开放式基金的试点工作带来较大负面影响，甚至会影响到整个基金行业的发展。

　　另外，封闭式基金内部不同持有人之间也会出现不平等待遇问题。目前，商业保险公司是封闭式基金最大的持有人，持有基金的份额占到基金总份额的近三成。然而，根据有关规定，保险资金不得直接投资股票。如果基金持有人获得新股配售，保险公司将会直接持有上市流通的股票，这显然不符合有关政策法规的规定。因此，如果允许基金持有人参与配售，只能是非保险公司的持有人受益，从而在不同类型的基金持有人之间造成不公平。

　　在基金申购新股方面，市场曾经发生了较大争议，其核心就在于“游戏规则”是否对广大投资者公平。那么，在即将实施的新股市值配售中，基金打新的规则也须首先注重实现各方的权益公平。