组织者们欢迎这样的讨论，其中一位坦承，“如果让西方学者投票，这次提名的11项理论也许他们一票都不投。”他披露，在提出设立奖项时，他们内部关于这一问题也有过“热烈的”争论，由于提名完全开放，是不是创新理论、可不可以获奖，并非由他们判断，他们所做的只是提供一个评审平台，保证程序的合法性，最终的结果是大家投票决定的。

　　不同的声音反映了一个深刻的分歧。这个分歧在2005年-2007年的第三 次改革争论中，甚至以“中国有真正的经济学家吗”这样直白的方式表达出来。

　　价格双轨制理论的提出者之一华生，是董辅礽教授的第一个博士生，也是这个奖项的倡导者和投票人(为保证公平，在他的理论入选后，他在最后一轮放弃了投票)，他认为，投票的结果反映了中国经济学本身发展的过程，30年里，中国从一个完全封闭的社会走向开放，最初的时候，纯理论化的程度不高，也不可能高——非常精细的模型化理论可能并不适合当时中国社会的需求，“人永远不能超越他所处的时代”。

　　而且，什么是理论？没有绝对的标准。关键是是否有创新。即使在西方，有影响力的理论学说也是要由现实检验。包产到户如果只是分田单干，中国几千年前就有，并不是创新。但在当时，这一理论是对农民权利的解放，农民因此有了选择的自由，也才有了乡镇企业，有了城市改革的可能，它的后发性制度连锁变迁意义重大，历史已证明它的价值。看似简单的东西并非意味着不深刻。

　　杨瑞龙承认，入选的理论是对中国改革实践的一种理论抽象和总结，也许用西方流行的经济学分析范式来衡量有些不太规范，因为它并非是一个纯粹的学术讨论，也没有复杂的数学模型，但却解决了中国改革与发展中的重大问题，并且对未来的改革与发展具有理论指导意义。“我们不否定纯粹经济学研究的学术价值，也不否定用此标准所进行的经济学评奖，为此需要推动经济学研究的国际化进程。但我们此次评奖所追求是经济学研究对中国改革与发展实践的推动作用，我们更看重的是研究成果的应用价值。这就像不能用咸味的标准来评价甜味一样，两种不同的评奖标准都会对我国经济学的研究起到有意义的推动作用。”

　　刘迎秋则说，“农村家庭联产承包责任制理论在西方经济学的范式里没有，如果有，那这就不仅是西方经济学的悲哀，很可能也是人类的悲哀。恰恰相反，也许正是因为在西方经济学范式和理论体系中根本没有，大家才不约而同地认定这是一个真正的理论创新。”当然，这一理论创新并非仅仅是由两个调研报告组成的。实际上，它是对农民自发实践的系统而科学的总结，在理论上开创性地解决了公有制与和私私人绩效及其激励的结合问题。这一理论的提出和应用，不仅使中国解决了粮食短缺问题、温饱问题，而且为此后的更深层的改革和开放开辟了新的可能。这就是创新。“中国改革的每一项成功都是突破传统范式的成功实践。我们不能用逻辑套用现实，而只能应该用现实改造逻辑。建立在实践基础上的理论逻辑及其的发展比传统的理论终极范式和陈旧逻辑更重要。”

　　沈晓冰在他的文章里给出了自己的解释，“经济学固然需要一种严谨、规范的体系，需要完美的逻辑结构甚至数学一样漂亮的模型，但经济学的最根本目的，还是要促进社会经济的进步和发展，为人的完善服务……从科学性和成熟度来看，中国的经济学或许在西方经济学者看来是难以理解和认同的。但中国的经济学家，以中国社会和中国人所能理解的语言，履行着经济学的目的和使命。”