极危物种鳤染色体水平基因组首次发布

鳤样品采集照片。

本报讯（记者朱汉斌）中山大学教授卢建国团队与江西省九江市农业科学院研究人员合作，成功组装了极危物种鳤的染色体水平基因组，首次获得鳤染色体水平的高质量基因组和注释信息。相关研究成果近日发表于《科学数据》。

据悉，鳤曾是我国重要的淡水经济鱼类，广泛分布于长江流域，由于环境恶化和人类活动的影响，数量急剧下降，在《中国脊椎动物红色名录》和《中国生物多样性红色名录——脊椎动物卷》中均被列为“极危”等级。

随着长江十年禁渔工作的开展，2020年12月，研究人员在长江公安段发现了7条鳤鱼个体。这是自2017年6月和2020年11月以来第三次观察到该物种，也是近年来首次记录到多个鳤鱼个体的实例。鳤的再次出现为保护工作的开展提供了机会。

该研究基于PacBio、Hi-C与转录组测序技术，完成了鳤染色体级别的基因组精细组装工作，其基因组的评估指标BUSCOs 达到98.3%，共预测出28674个蛋白质编码基因，其中28637个基因（99.87%）得到了功能注释，表明组装质量良好。

“鳤基因组信息的首次发布对于理解遗传多样性、识别独特适应性以及制定有效的保护策略至关重要。”论文共同通讯作者卢建国表示，研究表明鳤基因组组装在完整性与准确性上均达到先进水平，为后续研究筑牢基础。

相关论文信息：

https://doi.org/10.1038/s41597-024-04223-x