来源：DeepTech深科技
据多位知情人士透露，基因编辑初创公司 Tome Biosciences 正在陷入困境，即使该公司在 9 个月前刚完成 2.13 亿美元融资。
据美国健康医疗专业媒体 STAT 报道，Tome 将全面停止运营，并在 11 月 1 日前寻找买家。但另一位消息人士称，仍有一些选择可以让这家生物技术公司继续运营。两位消息人士均要求匿名。
Tome 发言人在一封电子邮件中告诉媒体 Fierce Biotech：“尽管我们在科学上取得了明显的进步，但投资者对基因编辑领域的情绪发生了巨大变化，尤其是对临床前的公司而言。鉴于此，公司正在降低产能，保持核心专业知识，我们正在与多方进行保密对话，以探索战略选择。”
该公司没有回答有多少员工会受到这些变化的影响。此外，Tome 的产品线可能发生变化的细节也没有披露。
Tome Biosciences 的两位创始人 Jonathan Gootenberg 和Omar Abudayyeh 都是张锋的学生。2020 年，两位开发出了一种基因编辑工具，可以将大型 DNA 序列插入基因组中的精确位置，同时降低脱靶风险。
Gootenberg 和 Abudayyeh 于 2019 年首次构思了这种方法，当时他们都是麻省理工学院的麦戈文研究员，两人合作共同发表了多篇文章。
他们的首要目标之一是将大型 DNA 序列精确地递送到基因组中的特定位置，同时避免对细胞造成损害。他们在使用原始的 CRISPR-Cas9 系统进行基因组编辑时发现存在缺点，即只有在 DNA 双螺旋断裂后，目标序列才会暴露出来以供操作。双链 DNA 断裂会带来多种风险，包括可能造成意外的基因修饰和导致细胞死亡。
因此，两位研究人员尝试了其他方法，并及时找到了解决方案：他们没有剪断双螺旋的两条链，而是采用了一种基于 CRISPR-Cas9 的新型系统，该系统在基因组的特定点产生单链 DNA 断裂。然后利用生化过程整合 DNA 有效载荷并修复断裂的链，从而实现精确的基因插入。
2022 年，两位发表论文，描述了使用被称之为 PASTE（Programmable Addition via Site-specific Targeting Elements）的方法成功地将长达 36,000 个碱基对的序列递送到人类和其他细胞类型中。
在改进 PASTE 的同时，Gootenberg 和 Abudayyeh 着手创建了 Tome。包括 a16z、ARCH Venture Partners 和 GV 等资本均参与其中。2023 年 12 月，Tome 以 2.13 亿美元融资（A 轮 + B 轮）走出隐匿模式，其使命是“谱写基因组编辑的最后一章”。
Tome 公司表示，其可编程基因组整合（PGI）平台旨在将任何大小的 DNA 序列插入到任何编程的基因组位点，PGI 平台包括一系列基因组编辑方法，每种方法都代表了对 PASTE 技术的优化升级。PGI 是一个强大且灵活的技术平台，释放了基因组工程的全部潜力，代表了基因组医学的最终章。
目前，Tome 正在开发两种 PGI 技术：整合酶介导的 PGI (I-PGI) 和连接酶介导的 PGI (L-PGI)。
（来源：Tome Biosciences）在咨询了学术专家后，Tome 决定专注于单基因肝病的基因治疗和自身免疫性疾病的细胞治疗。
该公司通过多种方式解决基因组编辑问题：一种是 PASTE 的工业化版本，它依靠整合酶插入有效载荷，另一种则由 Tome 以 6500 万美元收购的 DNA 编辑公司 Replace Therapeutics 推动，这笔交易价值高达 1.85 亿美元，使 Tome 能够使用后者的连接酶介导技术。
收购约两周后，Tome 与专注于 RNA 的 Genevant Sciences 达成了一项罕见肝病交易。Tome 向 Genevant 提供了高达 1.14 亿美元的生物资金，结合双方的 PGI 平台与脂质纳米颗粒技术，希望开发一种针对单基因肝病的体内基因编辑疗法。
Tome 还在 5 月份的美国基因与细胞治疗学会年会上分享了临床前数据。正是在这次会议上，Tome 透露了其主要项目是苯丙酮尿症的基因疗法和肾脏自身免疫性疾病的细胞疗法。
（来源：Tome Biosciences）目前，官网显示，Tome 涉及到的适应症包括苯丙酮尿症、动脉粥样硬化性心血管疾病、同型胱氨酸尿症、遗传性血色素沉着症、B 细胞驱动的自身免疫性疾病。
在同一场会议上，刘如谦也介绍了其在基因组编辑领域的新成果，同样在不产生 DNA 双链断裂的情况下，在人类细胞中实现大基因的高效、位点特异性整合。
该研究利用噬菌体辅助连续进化（PACE）技术，将丝氨酸整合酶 Bxb1 迭代进化了数百代，克服了 PASSIGE 技术效率低的问题，可对长达 10 kb 的大片段 DNA 实现高水平整合（效率可达 35%），相比 PASTE 技术，将大片段 DNA 的位点特异性整合效率提高了一个数量级。
埃默里大学和佐治亚理工学院的生物医学工程教授 Philip Santangelo 曾认为 Tome 的方法创新且令人兴奋。但 Santangelo 表示，与基因组编辑领域的其他公司一样，Tome 也面临着复杂的交付挑战，并且需要证明其安全性和有效性。Tome 的科学委员会成员表示还需要证明其能够调节拷贝数表达。“FDA 希望知道细胞内特定基因表达的拷贝数，因为过度表达可能导致肿瘤和其他安全问题。”
另外，摩根大通 7 月份的一份报告显示，各大制药公司已将许可工作转向后期资产，尤其注重基于抗体的疗法和抗体-药物偶联物，而细胞和基因治疗合作伙伴关系的总价值则有所下降；PitchBook 的数据显示，细胞和基因治疗领域的投资最近有所放缓，领先生物技术的资产需要更多时间来推进。
参考链接：
1.https://www.nature.com/articles/s41587-024-02280-6
2.https://tome.bio/news/tome-biosciences-presented-data-on-its-programmable-genomic-integration-technologies-at-asgct/
3.https://www.genengnews.com/topics/genome-editing/asgct-2024-david-liu-touts-rapid-evolution-of-gene-sized-programmable-editing-technologies/
4.https://www.fiercebiotech.com/biotech/young-gene-editing-biotech-explores-strategic-options-investors-pullback
5.https://www.statnews.com/2024/08/22/tome-biosciences-gene-editing-biotech-floundering/
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