此次AlphaFold3的模型是DeepMind和AI制药公司Isomorphic Labs共同开发的，这项研究已发表在《自然》杂志上。但其不公开底层代码、仅提供受限访问的举措，引发了科学界的广泛批评。截至5月14日，已有超过650名研究人员联名签署公开信，表示对论文不提供代码感到失望，并批评期刊违背了其关于代码可用性的规定。
自AlphaFold 2于2020年发布以来，科学家们已经广泛使用这一工具预测了各种蛋白质结构、发现了药物以及绘制了多种已知蛋白质。
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