农业部的种植业司没有选择将累计达285多亿元的国家财政良种补贴款直接发放给农民，这种近乎官办官营的操作方式，引起许多争议。
基层农业系统的干部，也对现行良种补贴政策颇有微词，辽宁省丹东市农委种子管理处处长李世良形容现在的良种补贴是“三个不高兴”…
2008年，河北省徐水县农业局强令大面积种植良种推广补贴的小麦品种“石麦15”。虽然当年河北省小麦丰收，不过，徐水县几万亩“石麦15”严重减产。
2009年要在上年较大幅度增加补贴的基础上，进一步增加补贴资金。增加对种粮农民直接补贴。加大良种补贴力度，提高补贴标准，实现水稻、小麦、玉米、棉花全覆盖，扩大油菜和大豆良种补贴范围。
良种补贴是一项重大强农惠农政策措施，有利于调动农民种粮积极性和推广使用优良品种。为加快农作物新品种推广，加强补贴资金管理，充分发挥政策效应，根据财政农业专项资金管理有关规定，制定本办法。
良种补贴既是一项惠农政策，也是一项强农政策。民盟河南省委员会建议，直接对农民进行补贴，尊重农民选择优良品种的权利。
河北领导作出重要批示，要求各级种子执法单位采取有力措施，开展玉米种子专项检查，加强玉米种子监管工作。
山西建议建立各种补贴的联动机制。为真正发挥种粮直接补贴和农资综合补贴对于种粮农民收入的保障作用。
目前棉花品种数量持续大幅度增加，种子技术水平进一步提高，种子市场化因为补贴而出现新变化，仍没有一个品种占播种面积的10%。
政府采购的品种不一定符合部分农民的种植意愿，导致这些农民不愿购买采购良种，而失去获得国家良种种植补贴的优惠。
每年的粮食直补和良种补贴资金一般于6月底发到农民手中，难以满足不同耕作期农民的需要。
目前，农民外出务工增多，承包的耕地流转频繁，转入方每年只负责向转出方付地租，国家的粮食补贴补给了转出方，而转入方得不到补贴。
