新工具高效检测基因编辑突变

本报讯（记者朱汉斌）近日，华南农业大学农学院教授刘耀光、谢先荣团队与合作者开发了一个基于Sanger测序、二代测序和三代测序技术，对各种基因编辑样品的不同类型突变进行高效检测的分析工具箱SuperDecode。相关研究成果发表于《分子植物》。

目前研究人员对基因编辑材料的突变类型鉴定，主要是利用Sanger测序和二代测序技术进行检测。为满足科研人员在不同应用场景下的检测需求，研究团队开发了一个全面、综合的基因编辑突变分析工具箱SuperDecode，可以对利用不同测序平台产生的数据进行高效分析，并且优化了基于PCR构建多样本混合文库的方法。

据介绍，SuperDecode包含3个子软件模块：DSDecodeMS、HiDecode以及LaDecode，分别对应Sanger测序、二代测序结果以及三代测序数据的解码分析。其中，DSDecodeMS是研究团队此前开发的网页版工具DSDecode/DSDecodeM的升级本地版，添加了去除Sanger测序两端低质量序列的功能，具有更快的分析速度、更友好的使用界面，可通过直接读取靶点扩增子的Sanger测序峰图，分析样本的突变类型。

HiDecode能对添加特定barcode序列的多样本混合文库的二代测序文件进行解码，实现多种类型样本的高通量突变分析，包括二倍体、多倍体、细胞系等。HiDecode理论上可一次性检测多达9216个样本的突变类型。LaDecode则是基于单分子测序技术，对长片段的PCR扩增子进行高通量解码分析的软件，能够识别目的区域中的各种复杂突变，并区分检测样本的所有单倍型。该工具特别适用于分析特定区域内多靶点编辑，如启动子区域饱和突变和平铺删除等引起的复杂变异。

SuperDecode除了检测由基因编辑产生的突变外，也可以用于检测自然遗传变异、基因分型等。目前，SuperDecode提供了Windows、MacOS本地化界面版和Linux命令行版，以及网页版。

相关论文信息：

https://doi.org/10.1016/j.molp.2025.03.002