六倍体小麦(Triticum aestivum, AABBDD)经过了两次多倍化和驯化进化而来，整合了来自Triticum Urartu (AA)、Aegilops speltoides (BB)近缘种和Aegilops tauschii (DD)的三套基因组。多倍化引发的基因组冲击会诱导转座子的活性、影响基因组稳定性并引起染色质重排。H3K27me2和DNA甲基化在此过程中发生重塑，可能通过抑制转座子的活性来维持小麦基因组的稳定。多倍化使得来自不同基因组的部分同源染色体(homoeologous chromosome)存在配对的可能性，除了Ph1(Pairing homoeologues 1)位点外，亚基因组内部染色质的高频率互作在一定程度上削弱了这种配对。多倍化后的基因拷贝数变异及亚基因组之间表达偏好性进一步丰富了小麦基因组的多样性。基因近端具有亚基因组偏好性的组蛋白修饰、DNA甲基化、染色质可及性以及亚基因组特异的转录因子结合位点等都会影响亚基因组之间基因表达的偏好性。在驯化过程中，控制自由脱粒性状的关键驯化基因Q受到microRNA 172的调控，使其能够在驯化过程中被选择。
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