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在环保投入方面，国家的总体要求是，政府投入的比例，要保持在GDP的1.5%—2%之间。实际上，在整个“十五”期间，内蒙政府的投入，并未达到这个比例。
根据内蒙“十一五”规划，在未来五年中，内蒙将加大政府投入。
内蒙财政厅的官员向记者表示，可能采取的措施是，在财政支出项目上，各级政府
将建立环境保护专项，并落实环保机构人员工资及其工作经费。
“按照谁开发、谁保护，谁投资、谁受益的原则，建立健全环境保护财政政策机制。完善财税政策，支持循环经济发展。在政府采购时，优先采购环保、节能产品。”
特别值得一提的是，其“十一五”环保规划指出，在环境管理、执法监察、监测、宣教、信息、科研等方面，其经费要给予重点保障。
在污染防治专项资金中，将安排一定比例用于环境监管能力建设。同时，积极利用国外贷款，支持新牧区建设、环境保护事业发展。
对自然保护区、特殊生态保护区的投入，则区分国家级与自治区级的不同，分别积极向国家及本区财政争取。这么做的目的在于，“切实改变批而不建、建而不管的现存倾向”。
除了加大政府投入，自治区政府正在考虑，推进污染治理、环境基建与运营的市场化。
制定推进污染治理的优惠政策，充分运用财政贴息、投资补助、收取污染物处理费等手段，吸引社会资金、投资环保事业。
与此同时，城市污水、垃圾处理的收费标准将提高。建立鼓励使用污染处理再生水的价格激励机制，鼓励专业化集中治污和污染治理产业化。
另外，根据受益者付费、破坏者补偿、开发者补偿等原则，自治区政府将加快建立生态补偿机制。构建遗传资源惠益共享的机制。根据这个政策，今后矿产资源的开发，将被征收生态补偿费。
根据政府提供的资料，在过去十年中，内蒙环保系统扩军近一倍。
1995年，全区环保职员共有2113人。到2004年底，总人数达到3883人。目前，全区的12个盟市，都已设立了正处级环境保护局。
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