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建国以来，中国的医疗卫生体制建设特别是医疗保障体制建设，一直是分别城乡、分别所有制乃至分别就业状态来组织实施的。这种制度建设方式已经落后于当前的经济发展阶段。在未来的改革中，必须打破城乡、所有制等界限，建立一个覆盖全民的、一体化的医疗卫生体制。这样不仅可以更好地实现社会公平，保障全体公民的基本健康权益，也可以避免体制分割所造成的利益集团分化以及由此产生矛盾和冲突，还能够从根本上扫清传统医疗体制对劳动力流动、国有企业改革，以及多种经济成份共同发展等形成的障碍。更为重要的是，
通过城乡一体化的医疗卫生体制建设，可以真正增进对农民权益的保护。此外，过去只针对少数群体的保障体制所难以解决的体制外侵蚀问题，自然也就不存在了。
划分医疗卫生服务的层次和范围，实行不同的保障方式
为了合理的分配医疗资源，有必要将医疗卫生服务分为公共卫生、基本医疗服务和非基本医疗服务三个层次。
包括计划免疫、传染病控制、妇幼保健、职业卫生、环境卫生和健康教育等在内的公共卫生服务属于典型的公共产品，应由政府向全体社会成员免费提供。
在基本医疗方面，以政府投入为主，针对绝大部分的常见病、多发病，为全民提供所需药品和诊疗手段的基本医疗服务包，以满足全体公民的基本健康需要。具体实施方式是，政府确定可以保障公众基本健康的药品和诊疗项目目录，政府统一组织、采购并以尽可能低的统一价格提供给所有疾病患者。其间所发生的大部分成本由政府财政承担。为控制浪费，个人需少量付费。对于一些特殊困难群体，需自付部分可进行减免。
对于基本医疗服务包以外的医疗卫生需求，政府不提供统一的保障，由居民自己承担经济责任。为了降低个人和家庭的风险，鼓励发展自愿性质的商业医疗保险，推动社会成员之间的“互保”。政府提供税收减免等优惠政策，鼓励企业在自愿和自主的基础上，为职工购买补充形式的商业医疗保险；也鼓励有条件的农村集体参加多种形式的商业医疗保险。
对不同层次医疗服务的界限划定，尤其是基本医疗服务包范围(包括药品和诊疗项目)的确定，可以依据医疗服务领域对各种常见病、多发病的诊疗经验，并结合政府和社会的保障能力来确定。
制度建设初期，基本服务包的范围可控制得小一些，随着经济增长和政府投入能力的提高，再逐步扩充服务包的内容。
构建与目标体制相适应的医疗卫生服务体系
既然在公共卫生问题上政府要承担全部责任，为了便于工作上的统一组织与协调，最好由政府直接组织的公共部门来提供相关的服务。从中国目前的情况出发，基本医疗服务也应主要由公立机构来提供。鉴于公共卫生事业和基本医疗服务之间的紧密联系，二者可以采取合一的体制。即建立同时承担公共卫生服务和基本医疗服务职能的公立医疗卫生服务体系。这样做，可能更加符合医疗卫生自身的规律，突出预防为主，实现防治结合；同时也可以避免多元服务体系并存带来的资源浪费。
非基本医疗需求属于私人消费品，至少在现阶段如此。因此，主要靠市场化的方式来提供服务，不需要政府来统一组织。在这一领域可以充分引入竞争机制，鼓励营利性医疗机构的发展。但是由于医疗服务的特殊性，不可能将全部非基本医疗服务都交给营利性机构去提供，还是需要保留一部分承担非基本医疗服务责任的高端公立医疗机构。其作用之一是在服务价格方面发挥导向作用，二是在技术路线选择方面发挥导向作用，三是仍需要承担一些相关的政府职能。例如诊疗新技术的推广、新标准的示范，以及特殊时期的应急医疗服务等。除此之外，也应借鉴国际经验，积极创造条件，发展非营利的医疗服务机构；与营利性医疗机构、公立医疗机构一起，共同为居民提供非基本医疗服务。
公立医疗机构由政府直接举办，其基本职能是提供公共卫生服务、基本医疗服务以及部分非基本医疗服务。此类机构不得有营利目标和行为，收支要严格分开。对于只提供公共卫生和基本医疗服务的机构，政府应确保投入。提供非基本医疗服务的公立医疗机构运转费用来源以服务收费和政府投入相结合，可以有盈余，但盈余应当进入国家预算收入并用于推进医疗卫生事业发展。公立机构的医务人员为公职人员，但需通过合同聘任等方式引入激励与约束机制。公立医疗机构的布局由政府统一规划。其中，只提供公共卫生和基本医疗服务的机构，可以参照政府行政机构的管理方式；承担非基本医疗服务责任的公立医疗机构，可以在确保政府基本意志得到贯彻的前提下，给机构以更大的独立性。
营利机构完全按照企业方式运作。政府对医院和医务人员的资质条件、服务价格、服务质量等实行全面监管。
非营利医疗服务机构按照一般非营利机构的模式运作。机构不以营利为目的，盈余只能用于事业再发展。政府给予相关税收等方面的优惠，同时进行全面监管。
全面推进医药分开
按照以上制度设计，在基本医疗服务领域，前述医药不分、以药养医等问题应当可以彻底杜绝。政府工作的重点应主要集中于非基本医疗领域，特别是营利性医疗服务机构。主要的调控手段一是在调整医疗服务价格的基础上严格限定医院的收入比例，全面推行医药分开；二是辅之以严格的价格监管和相应的惩戒手段，最大限度地控制医药合谋问题。
建立并逐步完善筹资与组织管理体制
基本政策框架、服务内容和标准由中央政府来确定。在公共卫生和基本医疗保障领域，保持全国大体上均等的水平。但公共卫生服务和基本医疗保障涉及千家万户，具体的组织实施责任还是要更多地依靠地方政府。从中国目前的情况看，以县级政府作为组织实施的责任主体，应该是比较适宜的选择。
为了实现医疗卫生事业特别是公共卫生及基本医疗事业的均衡发展，实现服务的公平，筹资责任应以中央政府为主，各级政府合理分担。可以考虑由中央政府承担医务人员工资、基本药品和诊疗手段的采购费用，而诸如医疗设施的基本建设等费用，则主要靠地方政府来承担。地区间的财政能力差异问题，可以通过强化一般性的财政转移支付来逐级解决。
为了尽可能做到财权与事权的统一，财政上需要做出相应的安排。例如，调整中央政府财政支出结构，增加医疗卫生支出；适当调整中央和省级政府的收入比例；中央财政设置专项预算科目用于补贴落后地区的医疗卫生费用等。长期来看，则应在税制改革的基础上，调整中央、省、县级政府之间的收入比重；设置专项税收用于医疗卫生事业。同时根据按保障目标测算的人均费用标准和各地(县)的人口数量，核定各地(县)的基本医疗服务总费用，列入中央财政的年度预算，并按季度通过省级财政直接拨付给县级执行机构。
为了确保公共卫生和基本医疗服务的稳定，必须改进各级财政的预算制度，对公共预算中的医疗卫生科目实行分账管理，禁止任何形式的相互挤占和挪用。此外，可以在中央和省两级建立专门的医疗卫生基金，以应付各种不时之需。
新旧体制的衔接方式
一是现有医疗保障体制与目标体制的衔接问题。关键是保证目前享有较高水平保障的社会成员的实际待遇水平不发生明显降低。出路是为他们提供补充保障。例如，对政府公职人员以及其他获得过医疗保障承诺的国有经济部门的中老年职工等，可采取由政府统一提供附加商业医疗保险的方式予以解决。对企业职工，则政府可以通过税收优惠政策，鼓励企业参加商业性大病医疗保险。
二是对现有医疗服务机构的分类改革问题。对现有医疗服务体系的改革只能是“抓小放大”，同时承担公共卫生和基本医疗责任的公立医疗卫生机构，主要应通过对现有各级公共卫生机构、二级以下的公立综合性医院、以农村乡镇卫生院和城市社区医院为主的基层医疗服务机构的改革、调整、合并形成。对目前三级以上的大型专业性或综合性医院，则应进行分类改革，部分改制为营利性机构，部分改制为非营利机构，还有一部分应继续保留其公立机构的性质。
对有关体制设计可行性的简单分析
对于这样一个“全覆盖”的制度设计，可能的担心来自筹资能力问题。我们认为，从整个国家的经济能力看，这一担心没有根据。
一个最简单的逻辑推理是：在计划经济时期，尽管当时的经济发展水平很低，但通过合理的制度建设，就已经基本上解决了绝大部分城乡居民的卫生防疫和基本医疗保障问题。改革以来，中国的经济实力已经增长了10倍以上，承担全体公民的基本医疗保障，在筹资能力上不应当有问题。
从宏观数据来看，目前中国卫生费用总支出占GDP的比重已经超过5%，这种投入水平在发展中国家位居前列。按照这种投入水平，解决所有居民的基本健康保障是没有任何问题的。改革的实质是要进行筹资方式、分配方式和资源运用方式上的调整。说到底，这只是一个政治决策和制度设计问题。
无数事实表明，现实生活中不仅存在医疗资源分配的不公平问题，也同时存在医疗资源的浪费、流失及投入效率低下等问题。如果能够通过体制改革解决这些问题，甚至通过更低的投入解决公众的基本健康保障都是没有问题的。
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