本报讯 10月28日，美国非营利性学术组织“OpenFold联盟”发布了一款新的开源人工智能（AI）模型，称其性能已接近谷歌旗下DeepMind公司开发的革命性蛋白质预测模型AlphaFold3。
这个新发布的模型为“预览版”，名为“OpenFold3”，它接受了30多万种分子结构及一个包含4000余万种结构的合成数据库的训练。该模型能够利用蛋白质的氨基酸序列绘制其三维结构，并模拟它们与其他分子的相互作用。截至目前，该模型的开发已花费了1700万美元。
OpenFold联盟执行委员会主席Woody Sherman说，目前该工具的功能仍无法与AlphaFold3相媲美，但他们希望基于研究人员使用“预览版”的反馈来改进模型。
此次发布的“预览版”向研究人员分享了代码以进行测试。OpenFold联盟仍在对OpenFold3进行技术改进，并计划在未来几个月内发布完整版。与仅限学术用途的AlphaFold3不同，OpenFold3未来将向所有研究机构、制药公司开放。
“很高兴看到有更多用于模拟生物分子相互作用的开源工具出现。”美国麻省理工学院研究员Regina Barzilay说。去年年末，Barzilay和同事发布了一个类似的开放获取模型Boltz。今年初，该模型的第二个版本已经能够预测蛋白质结构，并估算它们与小分子配体结合的强度。
美国范德比尔特大学计算生物学家Stephanie Wankowicz表示，将AlphaFold3、OpenFold3和Boltz进行比较，有助于研究人员更好梳理出“让这些算法运行的拼图碎片”，以及“对于算法的不同功能而言，哪块拼图碎片最为重要”。
目前，已有几家制药和生物技术公司表示将使用OpenFold3设计治疗自身免疫性疾病的药物和细胞疗法，以及开发用于保护植物和农作物的分子。（徐锐）
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