新中国60年间，伴随着经济管理体系的变革和改革开放的发展，我国化肥市场也经历了“计划－双轨制－市场化”的变化，这一转变，促进了化肥工业的发展，满足了农业生产的需求。

　　1、完全计划管理阶段。从1950年到上世纪80年代初期的这30多年间，我国初步形成了按计划分配的化肥流通体系框架，即在同一计划下，国家管理大型化肥厂产品的收购、分配、价格；省区市管理辖区内中型化肥厂产品收购、分配及中央管理化肥产品的价格；地县管理地县内小型化肥厂产品收购、分配和价格。

　　2、计划与市场管理相结合阶段。从上世纪80年代初期到1998年，化肥流通体系尝试了各种突破。先后经历了“双轨制”(1983—1988年)和化肥专营体制(1988—1998年)两个阶段。1985年初，《国务院转批国家物价局关于价格改革出台情况及稳定物价措施报告的通知》的出台，使化肥流通计划内价格由国家统一定价，计划外由市场调节。1989年12月，《国务院关于完善化肥、农业、农膜专营办法的通知》标志着化肥销售主体“一主两辅”制的形成，确立了以中国农业生产资料公司和各级供销社的农业生产资料经营单位为主渠道、县以下农业三站和生产企业为辅渠道的化肥专营体制。

　　3、市场资源配置的阶段。从1998年至今，化肥流通体系以市场化为基础逐步完善和发展，并经受了WTO过渡期的考验。1998年11月，国务院出台了《关于深化化肥流通体制改革的通知》，标志着我国化肥流通体制由计划经济体制向社会主义市场经济体制根本转变和重大转折。其中，取消了国产化肥指令性生产计划和统配收购计划，由化肥生产和经营企业自主进行购销活动。同时，打破了“一主两辅”的经营格局。