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2002年，国务院颁布了《关于水利工程管理改革实施意见》，《意见》要求：通过深化改革，力争在3至5年内，初步建立符合我国国情、水情和社会主义市场经济要求的水利工程管理体制和运行机制。2004年，审计署投资司统一组织各特派办对水利建设资金进行专项审计调查。
审计署驻郑州特派办在开展专项审计调查中，不仅查出大量影响水利建设资金使用
效益的资金闲置、工程转分包等管理不规范问题金额44?郾86亿元，虚列工程转移挪用资金等违纪违规金额3?郾36亿元；挪用公款、转移资金用于私营企业生产经营973.7万元；国有资金去向不明604万元等违纪违规问题，向纪检、公安、检察等部门移送涉及个人贪污或私分国有资产经济犯罪案件线索3起；向主管部门移送涉及虚列工程支出，套取各种建设资金转至账外核算等问题9件，而且在全面揭露问题的基础上，从政策、制度和管理体制层面分析产生问题的深层次原因，积极向有关部门提出完善宏观政策、健全管理体制、规范运行机制、加强综合管理的建议，并注意跟踪检查审计建议的落实情况，在实践中成功地进行了一次投资效益审计的探索。
郑州办在审计调查掌握大量资料的基础上，紧紧围绕审计重点，抓住要害不放，使一系列事关管理体制的重大问题被一一揭示出来。针对审计查出的问题，郑州办紧扣这次审计目标和方案的要求，多次召开会议研究分析，并与被审计单位座谈、探讨，从黄河水利管理委员会水利投资计划管理体制和管理运行机制等宏观层面，查找产生问题的原因。就水利建设资金大量结余闲置、工程进度缓慢的问题，审计分析认为主要是由于黄河水利管理委员会水利投资计划管理体制不顺和建设管理监督不力造成的；就“事企不分、管养一体”，工程虚假招投标、违法转分包，挤占、调剂建设资金等问题，审计分析认为，其形成问题最根本的原因是集“修、防、管、营”于一体的传统管理模式与长期以来机构经费和工程管护经费严重不足。审计调查结果显示，在黄河水利管理委员会基层河务部门中，实行的是“一套人马、两块牌子”的管理体制。而这种体制使建设单位与监理、施工单位存在密切的关联关系，出于照顾本系统的利益和弥补事业经费的原因，这种“同体现象”就为违法招投标、转分包工程、虚列工程成本套取或挤占挪用建设资金等提供了可操作的空间。
针对审计发现的问题，郑州办以“围绕经济搞审计，跳出审计谈经济”为指导思想，围绕回答“是什么，为什么，怎么办”为目标，从实际出发提出了建议：第一，向水利投资计划管理体制要效益。建议国家发改委、水利部等部门，结合黄河治理基本建设项目的特点，将基本建设投资体制和预算管理体制有机结合起来，高度重视黄河下游治理项目投资的可行性研究，尽可能地减少计划脱节、重复审批的现象，确保水利建设资金安排更趋合理与科学，提高国家水利建设资金投资效益。第二，向管理运行机制要效益。建议黄河水利管理委员会借国家新出台的有关水利工程“管理与养护”分离政策的东风，建立健全黄河水利工程“政企分开、事企分离、权责明确、行为规范、运转高效”的管理体制，加大管理与养护分离、建设单位与施工企业分离的改革力度，促进黄河水利工程基本建设三项制度规范、完善和发展。同时，在体制改革中涉及的国有资产结构的调整及职工养老保险遗留问题等，国家有关部门应给予政策方面的支持。第三，建议水利部及黄河水利委员会应加强对水利建设项目的管理和财务核算，堵塞漏洞，确保水利建设资金专款专用；对虚列工程支出转移挪用水利建设资金及设立“小金库”的现象应彻底清查，严肃处理相关单位责任人。
审计结束后，黄河水利管理委员会对审计查出的问题和提出的审计建议非常重视。对虚列工程成本套取水利建设资金等违法违纪问题，以及审计组移送给黄委的9起案件，由纪检监察部门组成专案组对相关问题进行了落实，15名相关责任人受到党纪政纪处分；对内部管理存在的问题，在本系统组成近70人的联合内部审计队伍，审计了28个建设单位和245个建设项目，审计资金总额33?郾51亿元，下达各类审计意见和建议184条；对管理体制问题，黄河水利管理委员会以国家审计为契机，加强与上级主管部门的沟通与协调，在财政部、水利部、劳动和社会保障部等有关部门的大力支持下，25个基层单位进行了管理体制改革试点，着手解决“事企不分、管养一体”模式带来的问题，使改革迈出了关键的一步。（庞淑芬）
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