大数据发力，指向新发地疫情源头，还从2000多个摊位锁定摊主

　　来源：赛先生

　　有关新冠病毒的起源，我们可能很难追踪，但北京新发地市场的疫情源头有了最新的科学解释。到底科学家是怎么说的，他们在溯源的过程中是如何抽丝剥茧，发现线索的？

　北京新发地农贸市场，图片来自xinfadi.com.cn

　　新发地新冠疫情虽然早已被控制住，但这场疫情留下的紧张气氛仍令人心有余悸，疫情的源头也一直成谜。

　　10月23日，来自清华大学、北京市疾病预防控制中心、中国医学科学院病原生物学研究所、北京大学等单位的科学家在连续攻关4个月后，终于给出了结论：通过对2020年6月北京疫情相关病例、环境与食品等样品的核酸测序和病毒基因组序列分析，结合全面的流行病学调查和大数据分析，揭示了该疫情可能源于冷链食品污染，提出冷链运输可能是新冠病毒传播的新途径。相关研究发表在国内顶尖学术期刊《国家科学评论》（NSR）上。

　　为何科学家将疫情源头追溯到被污染的冷链食品？实际上，一开始连从事这项研究的科学家都不太敢相信这一结论。

　　论文的作者之一、中国医学科学院病原生物学研究所研究员任丽丽在接受《赛先生》访谈时表示，在传染病防控史上，货物通过冷链传播到人身上造成的感染鲜有报道，因此这也被很多专家认为是最不可能的一条线，但证据的矛头恰恰指向了这一路径。

　　为何将此轮疫情源头锁定在新发地

　　科学家是如何坚持这一看法，并令同行和公众信服的呢？具体情况是这样的，从6月11日起，北京市丰台区连续出现本土传播确诊病例且均有新发地农产品批发市场活动史。

　　通过对病例的流行病学调查和大数据分析，以及对他们所到地区和接触人员进行排查，科学家发现2份来自北京新发地市场的环境样本呈现新冠病毒核酸阳性。随后对该市场538名员工扩大进行病毒核酸筛查，又发现45人为阳性。

　新发地市场病毒的源头初步查明，图源中国青年报

　　6月15日，北京市启动了全市核酸筛查。通过对1000余万人口和5000余份环境样本的检测，共发现368人新冠病毒核酸阳性。这些感染者均与新发地市场有直接或者间接关联：其中169人是新发地市场的工作人员，103人于5月30日至6月12日期间去过新发地市场，其余96人均为上述人员的接触者。

　　科学家未发现独立于该市场的早期传播链或独立传播链，这提示新发地市场是此次疫情暴发的单一源头。

　　从一个大农贸市场锁定到具体的摊位

　　然而，科学家并不满足这一结论，他们希望能够精准到新发地市场具体的摊位及其对应的摊主，以此了解新冠病毒是如何从一个点传播至一个面，乃至北京市的数个片区。

　　通过对5月20日到5月30日到过新发地14个摊位的3000多人进行抗体检测等大数据分析，科学家发现有5例为IgG/IgM抗体阳性，这显示他们曾感染过新冠病毒。根据新发地网站介绍，新发地有2000多个固定摊位，大约有4000个定点商家。那么，新发地的疫情是单个源头，还是多个源头？

新发地综合交易大厅负一层（牛羊肉厅）感染工作人员分布

　　通过流调手段发现，这5例感染者于5月30日到31日期间到过S14号摊位。由此，科学家初步确定了综合交易大厅地下一层（牛羊肉大厅）水产区S14号摊位可能是感染的源头。

　　事实上，S14号摊位的7位工作人员也均为新冠确诊病例，且症状出现时间相对较早，除此之外，在S14号摊位也检测到了阳性的环境样本。由此基本上锁定了此次病毒传播的具体摊位。

　　S14号摊主是如何感染新冠病毒的？

　　那么，S14号摊位的工作人员是如何接触到新冠病毒、这些病毒来自何处？据研究者调查知悉，5月30日，S14号的摊主从X公司采购了受新冠病毒影响的国家、包装完整的三文鱼，并在市场内切割处理后零售。

　　在展开流调过程中，科学家确认了S14号摊位的工作人员此前未接触过疑似或确诊新冠病毒感染者，且5月至6月初期北京也无报告新增感染病例，这提示新冠病毒极可能来源于境外输入，即可能通过被新冠病毒污染的冷冻食品流入国内。

　　在大数据分析一展身手后，接下来就该让分子生物学施展拳脚了。科学家通过对110个病例和环境样本进行了高通量核酸测序，共获得了72条高质量的新冠病毒基因组序列。分析发现，这些序列均具有8个特征性突变位点（C241T、C3037T、C14408T、A23403G、GGG28881-28883AAC和C6026T），这些位点在我国此前的本土和输入病例中从未发现过。通过与新冠病毒基因序列数据库比对，发现除C6026T之外，具有其它7个突变位点的病毒主要存在于欧洲。这些结果进一步提示新发地疫情的病毒应为单一性的新发境外输入。

　　据了解，此前接触S14摊位后感染的5位顾客及其密切接触者在过去14天内均未到访过中高风险区域或接触来自中高风险区域的人员，这说明此轮新冠疫情是由新发地市场向外传播。

　　科学家还对新发地市场内所有三文鱼供应商的冷库进行了采样检测，发现X公司有5份鱼体拭子样本呈新冠病毒核酸阳性，其中1份未开封鱼体拭子样本中测序获得的病毒基因组序列与本次疫情中人和环境样本中的病毒高度同源。

　　在冷冻的情况下，病毒可以存活很长时间，新冠病毒也不例外。一名流行病学家曾对《赛先生》表示，有些病毒在冷冻状态下可以长期存活。如果是水源污染水产品，还可能会导致人群发病，过去多见于甲肝病毒暴发。 

　　为何怀疑被污染的食品，而不是活的水生动物？

　　事实上，此前调查人员就已经怀疑疫情可能来自进口的三文鱼，只是无法拿出科学的依据。6月12日，北京新发地批发市场董事长张玉玺曾表示相关部门抽检时，在切割进口三文鱼的案板中检测到新冠病毒。

　　10月17日，中国疾病预防控制中心在对青岛新冠肺炎疫情溯源调查过程中，从进口冷链食品外包装检测分离到新冠活病毒，这也是国际上首次在冷链食品外包装上分离到新冠活病毒，并证实接触新冠活病毒感染的外包装可导致感染。

　　新冠病毒是否有可能来自活的水生生物？根据世界卫生组织等权威机构认定，目前在我们认知范围内冠状病毒是不能感染水生生物的，但在它们的体表可能会携带有病毒，只是在这种情况下感染人非常罕见。

　　如此一来，我们看似找到了完美的证据链：从切割的鱼体上分离出病毒，它们跟患者身上的序列类似，再结合流行病学的证据，最后找到病毒源头，然而由此获得的结论仍是具有极大概率的推测。

　　而且在这项研究中，还出现了“意外”情况。由于新冠肺炎有潜伏期，当时同一批次的产品已经没有了，只能从相同货源、间隔时间较短的第二批次中寻找答案，科学家发现了同一突变特征的序列，以此进行佐证。

　　“这提醒我们尽可能以证据为主，证据告诉我们什么（就是什么），就主动地追查证据，不要主观地把链条给断掉了。”任丽丽表示。

　　在科学家对新发地疫情源头进行一番科学分析之后，相关部门也开始有动作了。

　　10月26日，北京市市场监督管理局联合北京市商务局发布通告，为落实新冠肺炎疫情防控要求，进一步加强对进口冷链食品监管。要求自2020年11月1日起，北京市进口冷链食品生产经营单位均需在“北京冷链”中如实上传进口冷藏冷冻肉类、水产品来源、流向等追溯数据，落实电子追溯码赋码、贴码等。对未上传追溯数据的相关产品，北京市进口冷链食品生产经营单位应做到不采购、不销售、不使用。