但就目前的铁路体制而言，铁道部“既是管理者也是经营者”的特殊身份，使得铁道部并没有在交通部和民航总局合并时一起合并进来。在今年初的内部会议上，铁道部相关负责人表示，“铁道部至少两年之内不会合并”，重要原因就在于铁道部改革还没有完成。

　　业内人士认为，铁路体制改革目前最关键的是实行“网运分离”。所谓“网运分离”是把具有垄断性的干线路网基础设施与具有竞争性的客货运输分离开，组建若干个客货运公司来负责具体的经营，而铁道部的职能将转向行业管理等方面，从根本上解决铁路行业的政企不分问题。

　　中国铁路体制基本上延续前苏联的路局体制，即“四级管理”（铁道部、铁路局、铁路分局、基层站段）、“两级法人”（铁路局、铁路分局）。尽管铁道部在2005年撤销了铁路分局，变四级管理为三级管理，同时减少了运输站段，但整体上仍然没有将运输企业的法人实体地位确立起来。部分原因在于近年来改革重点放在主辅分离和提高运输效率上，“网运分离”的体制改革没有得到有效推进。

　　分析人士表示，此次国务院办公厅的通知传递出了铁路体制改革将加速的信号，而作为呼声最高的“网运分离”有望破冰。