有观点认为，铁路运输法院是铁路系统内部设立的法院，其审理的铁路运输相关案件公正性值得质疑。对此，全国铁路运输法院的业务指导部门、最高人民法院审判监督庭有关负责人表示，铁路运输法院每年都审理了相当数量的各类案件，整体上看是客观公正的。中央有关部门已把铁路运输法院体制改革确定为司法改革的一项重要内容。目前，这项改革正在积极稳妥的推进过程中，其方向是将铁路运输法院作为专门法院予以整体保留，纳入国家司法管理体系，同时其在人财物等各方面均与铁路运输企业脱钩。改革完成后，应该可以消除人们由于体制原因而对铁路运输法院所抱有的疑虑。