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部门预算将全面反映预算单位的所有收支情况，包括财政预算内安排的收支，以及预算外、经营收入、事业收入等多个方面总的收支状况。一个部门一本预算。
从收入来源看，部门预算收入主要包括财政预算内安排的拨款、预算外财政专户拨款、事业收入、事业单位经营收入等。
从支出上来讲，部门预算主要分为以下两个方面：
其一、基本支出：指养人和维持日常基本运转所需的支出，包括人员工资福利支出；离退休以及退职（役）费等对个人和家庭的补助支出；临工工资、后勤服务等机关服务支出，基本公用支出等。前三类基本支出在编制部门预算时按照核定的人数和规定的支出标准进行编报；对基本公用支出的核定在编制2006年部门预算时进行了调整，除了继续按以往定员定额标准给予保障外，还根据实际情况，由单位在项目支出中安排一块用于弥补公用经费不足。
其二、项目支出：指单位履行职责开展活动所需的开支。2006年，市财政部门对市属行政事业单位项目支出进行了分类，包括履行职能类项目支出、2006年预算一次性项目支出等。各预算单位按规定类别编报项目预算，预算执行中，同一类别中各个子项目资金可调剂使用，但不同类别间项目支出不得混用。各单位机动经费按不超过项目预算经费总额5％编制。
部门预算与财政总预算既有区别，又有联系。一方面，财政总预算只反映预算内财政收支，而部门预算反映各预算单位所有收支，既包括财政预算内安排的收支，也包含预算外、经营收入、事业收入等多个方面总的收支状况；另一方面，财政总预算中行政事业性开支部分在部门预算中得以细化。
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