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医疗体制改革不仅是对医疗卫生体系的改革，也将对制药行业产生深远的影响。新型医疗体制改革试点将扩大覆盖面，政府增加投入，这对药品市场的扩大有积极的作用。社区医疗和农村合作医疗的启动将为普药带来较好的发展机会。国际市场比较发现，成熟市场的市盈率在15~25倍，印度作为成长性市场，医药上市公司的估值水平较高。国内医药市场将保持较好的成长性，我们认为22倍是合理的市盈率，优质公司可以给予更高的估值水平。
我们对于2006年医药行业整体的判断是，整体收入仍然保持较快的增长速度，行业整体盈利能力小幅上升。优势化学药和中药公司值得继续持有，生物制品行业向好。化学制剂企业的竞争力一方面表现在产品结构，另一方面体现产品的销售能力。产品是企业的核心，市场前景好的特色产品往往是公司持续增长的动力源泉。只有具备较强的研发实力制剂企业才能最终成长为优秀的企业。目前自身或大股东研发实力较强的上市公司有恒瑞医药，现代制药，海正药业。高效的销售队伍也是制剂企业的重要竞争力，目前越来越多的企业开始建立自身专业的营销队伍。一个好产品经过优秀的营销团队推广半年到一年的时间就能打开市场，而在没有营销的情况下竞争力明显弱于已经上市的同类产品。目前有较好的销售团队的化学制剂企业有恒瑞医药，丽珠集团等。目前制剂企业面临的最大风险就是药品降价。虽然大多数企业已经适应降价，但大范围的降价的影响是深远的，只有少数企业能够把降价的不利影响降到较低水平，大多数企业只能被动地接受降价带来的负面影响。
维生素目前价格在低位，我们判断化工原料价格下降以及产品提价在2006年将成为可能，这对公司的盈利能力有提高。从此收益的上市公司有新和成，浙江医药，鑫富药业等。特色原料药是近年来发展最快的板块，海正药业，华海药业近两年通过特色原料药出口都实现快速增长。国内原料药企业纷纷跟进，企业之间的竞争加剧，价格快速下降。但经过调整之后，新产品推出将继续提升这些公司的盈利能力。2004年是大宗原料药企业最困难的时机，成本上升吞噬了大量利润。2005年这些企业的盈利能力将得到恢复，但涨幅有限，其中新华制药、广济药业、天药股份等上市公司的盈利能力将提高。
抗生素企业的日子仍然不好过。药品降价导致抗生素原料药价格低迷，上涨可能性较小。华北制药、哈药集团、鲁抗医药、京新药业、白云山等上市公司为国内较大的抗生素原料药企业，盈利则更多是来自于其他的产品。
生物制品行业一直以来都是政府重点扶持的对象，在国家重点支持自主创新的思路下不断能够获得资金和政策的扶持。由于国内生物制药行业的研发实力较弱，与国际企业的差距较大，国内生物制品以仿制居多。国家政策重点支持创新项目，例如新产品研发，产品的升级换代。形式包括财政补贴，税收优惠等措施。对于子行业中的龙头企业自然是国家政策支持的重点。生物制药运用范围逐步扩大，市场潜力巨大，这可以从国外生物产业的发展得到印证。国内在某些领域，例如疫苗，诊断试剂等方面与国际企业的差距正在逐步缩小，龙头企业完全有能力快速赶上国际企业。目前生物制品类上市公司中大多是各个子行业中的龙头企业。例如天坛生物是生产人用疫苗的唯一的上市公司；华兰生物是血液制品行业最大的公司，盈利能力也较强；科华生物是国内诊断试剂领域的龙头。这些企业本身的研发实力较强，产品技术领先，未来增长空间较大。
中药企业盈利能力高于医药行业平均水平。中药企业大多数产品是OTC产品，通过长期积累形成的品牌知名度能够保证产品被大多数消费者接受，新剂型在营销推动下也能获得市场认可。上市公司中云南白药、同仁堂、片仔癀和天士力等被深度挖掘，建议持有。东阿阿胶、广州药业、金陵药业、康缘药业和康恩贝等未来成长可期的公司建议谨慎增持。
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