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“十五”期间，中国农业科学院获得了一批具有自主知识产权的、原创性重大农业科技成果。科技成果在生产上推广应用，每年创造社会经济效益达200亿元以上，为农业农村经济持续、稳定、健康发展提供了强有力的科技支撑作用。
据了解，“十五”期间，全院共承担国家及行业重大科技项目（课题）4160项，获奖成果近500项，包括国家级奖一等奖3项、二等奖17项，省部级奖161项。在六大领域取得的
具有完全自主知识产权的科技成果引起国际科学界的高度重视。
——疫苗。哈尔滨兽医研究所研制的H5N2疫苗成功扑灭了我国2004年暴发的高致病性禽流感疫情，近期又自主研发出国际最新型的H5N1基因重组禽流感灭活工程疫苗，首次成功解决了水禽缺乏有效禽流感疫苗这一世界性难题，是目前全球唯一大规模应用的人类/动物流感病毒反向遗传操作工程疫苗，极大地提高了我国禽流感的预防控制能力和国际地位。至2004年底，两种H5亚型禽流感灭活疫苗累计推广使用40亿份以上，取得直接经济效益3.5亿元，减少和挽回经济损失318亿元。
——抗虫棉。继转基因抗虫棉研制成功并大面积种植后，转抗虫基因三系杂交棉技术获重大突破。经过7年努力研制成功的转抗虫基因三系杂交棉，攻克了三系杂交棉恢复系狭窄、抗虫性缺乏、可育性不稳以及杂种优势不明显等一系列重大科学难题，在国际上首次成功地创建了高产量、高纯度、高效率、大规模、低成本、能够直接应用的转抗虫基因三系杂交棉常规育种与分子育种相结合的新体系。
——矮败小麦。利用我国特有的遗传资源太谷核不育小麦和“矮变一号”为材料，经过20年研究建立起国际领先的矮败小麦轮回选择育种技术平台，把小麦改良中的众多基因进行大规模的反复重组和优化，可连续和大批量地培育小麦新品种，提高育种效率数十倍。被“绿色革命之父”布劳格先生誉为“小麦育种的革命”。
——超级稻。中国水稻所在超级稻选育和理论研究方面取得新突破，研究水平居世界领先地位。成功选育出国际公认的超级稻组合“协优9308”，平均亩产达789公斤，最高单产达818公斤，在长江中下游地区大面积推广种植。近年又利用分子育种技术选育出一批以“国稻1号”、“国稻6号”为代表的超级稻新品种/组合，高产潜力大、米质优良、抗逆性强。
——双低油菜。以“六高、两优、多用”优质油菜新品种“中双9号”为代表的一批双低油菜新品种，综合性状突出，品质、产量和抗性达到国际先进水平。新品种的成果转化率达到100%，品种覆盖到黄河以南10个省97个县（市），年新增社会经济效益18亿元以上。
——作物种质资源研究。创建了世界上唯一的长期库、复份库、中期库相配套的完整的种质资源保存体系，并首创了利用超低温处理解决野生大豆等6种难发芽种子生活力快速检测的难题。同时建立了确保入库种质遗传完整性的综合技术体系，长期安全保存作物种质资源包括180种作物38万份，位居世界首位。
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