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2004年，我省全年共办理出口退(免)税55.2亿元，是上年的2.9倍。省商务厅的一份调研报告称，虽然去年出口退税工作取得了成效，但四个不容忽视的问题仍在困扰着我省出口退税工作。
超基数地方负担部分不能及时到位。我省退税机制改革后实行层层分级负担，收入分享、退税负担和退税基数相统一的原则。省里将出口退税基数分配到各省辖市，省辖市又将
基数分配至所辖市(县、区)，部分市(县、区)甚至分配至乡。由于县、乡财政薄弱，造成退税地方负担资金难以落实。
出口退税基数“动态管理”落实不够。我省各市出口退税基数按照各市2000年－2003年四年应退税数占全省应退税额的比重来核定，各市也比照此办法将基数分配至所属各县(区)。由于各县区外向型经济发展程度、出口规模、出口增长速度和出口发展现状不同，出口退税基数也很难均衡分配，区县一旦退税基数不足，市与市之间、区县之间难以调剂，并导致部分县区在市里基数未用完的情况下本县区已超基数，辖区内企业退税发生困难，个别地方甚至让企业减少出口或不出口，造成部分企业在省外设立公司转移出口能力。
部分地方政府没有充分认识出口对增加就业、税收、带动经济增长的作用。我省出口企业多数规模小且货源多数在外地，出口环节又免缴增值税，难为当地创造较多的增值税收入，因此财政部门在综合平衡支出时，势必会向对增加当地财政收入贡献较大的企业倾斜，对出口退税资金的支出产生一定影响。
对跨地区货源的出口实行限制。因为跨地区货源出口在辖区内，而增值税在产地缴纳，有的县市对此类出口予以限制，形成新的市场封锁，不利于全省乃至全国统一大市场的形成。（信息来源：河南商务之窗地方商务之窗）
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