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自1976年后，水在2003年又一次成为世界环境日主题。27年间，水资源短缺成为包括中国在内的贫水国无法回避的世纪挑战。中国人均水资源占有率不足世界平均水平的1/4，有限的水资源时空分布又极不均匀，2/3的城市供水不足，工业农业每年因缺水损失数千亿元，人民生活和健康受到影响，荒漠化蔓延，生物多样性大量丧失。可以说，水资源短缺已经取代洪水，成为国民经济和社会发展的心腹之患。当今中国的水问题可以归纳为洪水、缺水和水污染三大问题。两千年来，洪水泛滥的威胁一直被视为心腹之患。但实际上，缺水矛盾自
1970年代就在中国多个地区蔓延发展。1999年到2001年连续三年发生特大干旱使人们意识到，水资源短缺已经成为经济和社会发展的心腹之患。目前全国城市缺水严重，600多个城市中，400个缺水，日缺水量1600万吨，每年因缺水造成的经济损失达2300亿元。1990年起，缺水每年造成农业减产1000万吨到5000万吨。
与此同时，水污染问题也伴随着工业化的高速发展而急剧恶化。国家环保总局6月对外公布的数据表明，2004年在七大水系的412个水质监测断面中，一至三类、四到五类和劣五类水质的断面比例分别为41.8%、30.3%和27.9%。其中，海河水系属重度污染，辽河、淮河、黄河、松花江属中度污染，长江属于轻度污染，而珠江总体水质良好。在所监测的27个重点湖库中，仅有2个达到了二类水质，达到劣五类的为10个。
国家环保总局副局长汪纪戎指出，高强度的经济活动造成污废水的排放量相对的超过了流域的环境容量，很多河流都是污水比例大，径流量偏小，所以水质的改善是相当艰巨的任务。
著名学者马军在其《中国水危机》一书中，详尽分析了中国七大流域各自面临的水问题，指出洪水、缺水和生态退化直接相关，而水污染又大大恶化了水资源紧缺。黄河：断流致泥淤河道
黄河是中华民族的母亲河，可能再没有什么比黄河的断流更能深刻地反映中国水资源短缺的严峻局面了。自1972年史无前例的断流开始，年最长断流的时间从70年代21天，到80年代的36天，到90年代达226天，再到1997年黄河无滴水入海的时间长达330天。
黄河是河南、山东两省的重要水源，黄河下游十几座大城市对黄河水的依赖程度都超过60%。两省许多城市被迫大量超采地下水，每年开采量将近200亿立方米造成地下水水位不断下降。如今不断流成为政治任务，为此黄河常年维持小流量状态。但这样的流量无法把10亿吨泥沙带到河口，大量泥沙淤积在水库和下游河道，造成严重的洪水隐患。长江：洪灾+污染
长江是中国数亿人赖以生活的基础，它的洪水问题非常严重，而同时流域内旱灾的发生也有加重的趋势。长江干流虽还未有明显变化，但许多支流径流量不断减少，一些河流已经完全干涸。50年代以来，长江上游的20多条河流平均萎缩了37.1%。枯水期断航甚至断流，汛期洪峰却十分凶猛，这是危险的趋势。
长江污染问题突出。每年排入长江的污水达220亿吨，占全国总排污量的1/3。干流由于水流浩大，对污染有较强的稀释作用。随着三峡水坝的建成，库区流速减缓，自净能力大大下降，污染问题将变得更为棘手。西北：沙尘暴的源头
西北地区降水稀少，相对稀疏的河流湖泊，支撑着广大地区的生态平衡。如今河流萎缩，湖泊水位下降，造成严重沙漠化，给整个北方带来严重的沙尘暴问题。90年代末土地沙化速度上升到每年3436平方公里，每年流失土壤50亿吨，受沙漠化影响的人口达4亿人。东北：旱灾和洪灾矛盾
东北地区的松花江和辽河流域的水资源情况也不容乐观。松花江枯水季节偏枯，造成严重旱灾，而洪水季节则容易形成水灾。辽河流域水资源短缺，污染极其严重。华北：地下水超采
华北地区的海河流域，大小300条支流，无河不臭，无水不干。600亿立方米不可补给的深层地下水资源采空了一半以上，形成超过4万平方公里的世界最大地下水漏斗区，地下水污染严重。淮河流域生态破坏严重，加之上游城乡的恶性排污，使得人口密集的下游平原地区面临有水不能用的窘境。东南：水质性缺水
东南地区虽然降水丰富，河流众多，但普遍面临水质型缺水，其中尤以太湖流域和珠三角地区最为严重。每300米一条河流的平原上，各个城市有水而不能用，不得不大量超采地下水，造成地表沉降。珠江三角洲集中了全国13%的径流量，但各大城市污水泛滥，饮用水水质堪忧。
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