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近些年来户籍制度改革取得明显进展：
一方面，进城农民工的平等就业权利、享受公共服务的权利大有增进，附着于城镇非农户口与农业户口两者之上的权利差别明显缩小。
另一方面，城乡分割的户口制度格局进一步松动。县以下小城镇按照有稳定住所、有
稳定就业或收入来源的条件放开户口。一些大中城市推进了户籍制度改革。
与此同时，户籍制度改革迟缓，集中表现为对农民工转化为稳定的城市产业工人和市民的阻碍，进而产生其他负面影响。
其中最突出的问题是户籍制度改革停顿在投资移民、技术移民上，障碍农民工转化为稳定的城市产业工人和市民。具体表现在：
国家政策规定容许有合法住所、有稳定就业或收入来源的农民在城镇落户，这一政策的适用范围已从小城镇扩大到中等城市。但发达地区绝大多数地方的城镇，只对本地农村人口放开进镇的户口限制，而对符合上述条件的外来农民工到小城镇落户并未放开；
对进城就业农民迁移城镇条件中的合法住所，限定为购买住房，投资买住房才能迁移户口，合法租赁住房者不能迁入，抬高了农民工进城的门槛；
相当一部分农民工已经在流入地扎下根来，成为事实上的常住居民，不可能再回农村，但他们不能享受当地居民的权利；
由于农民工转化为稳定的城市产业工人和市民受阻，对企业发展、农村劳动力转移进程、社会安定和城乡关系产生负面影响：
一是影响企业熟练工人、人力资本的培养和长期发展。利用户籍制度门槛阻碍农民工变为城镇居民，不仅是不顾农民工的转移愿望，也是置企业的要求于不顾。
二是阻断了农民工本地化进程，加剧了农民工的流动性，是造成发达地区没有形成稳定的产业工人队伍，局部地区出现“民工荒”的一个深层原因。在我国劳动力总体富余的情况下，局部地区2003年初现端倪、2004年显现出一定程度的民工荒，究其原因，除了市场农产品价格上扬、国家政策调整使务农得到一些实惠，农民工增量减速等短期因素外，根本的原因，是在一些地区农民工利益受损害、工资水平受抑制的问题较为突出。
三是影响农民工合法权益的维护，不利于城市社会逐步走向农民工与户籍人口获得平等权利，城市陷入僵持的二元社会，难以实现社会融合和安定。农民进城就业以来，城乡二元户籍制度的影响，不只在城乡之间，已演化出城市内部农民工与原有居民户口、身份、权利不平等的二元社会。农民工已经是发达地区和城市产业工人、常住人口的重要组成部分。他们和城市人同在一个城镇工作，不仅居住、社会保障、公共服务等方面权利不平等，而且农民工合法利益受损害的情况比较严重，如工资低于最低工资标准，不付加班费，劳动条件恶劣，工伤得不到赔偿。农民工经济利益得不到保障，根本上是因为他们在流入地缺乏社会权利。改革户籍制度，一些农民工本地化，其中的一个重要含义，是行使当地人的基本权利，包括选举权和被选举权。这也是维护其合法权益的根本之举。农民工权益保护缺乏制度性，主要原因是，外来工没有选举权和被选举权，政府不用为其要求负责。许多矛盾冲突，源于外来人员的社会地位和利益没有得到应有尊重及合理的制度安排。现行户籍制度阻碍一些农民工转为城市市民，维护身份权利的不平等，形成城市僵持的二元社会，就难以减少冲突，管理也难以得到他们的支持，与实现社会和谐和安定，可谓南辕北辙。
四是使城市化和农民变市民的转移进程中断，影响农业、农村发展，导致工业化不仅不能带动城市化进程，而且会进一步扩大城乡差距。工业化是现代经济发展的主旋律。以工业化为经济内涵的城市化，是现代社会发展的主旋律。城市化最基本的含义就是农民变市民，而不是指城市的扩大、美化、现代化。把户籍制度的改革停顿在少数人的投资移民、技术移民上，阻碍进城农民工转为城市市民，就使城市化和农村劳动力转移的进程中断。农村劳动力转移包括向非农产业转移和向城镇转移两个密切相关的进程。阻碍农民工转为城市市民，只是容许他们在城里打几年工，那就是转移的半途而废。这种半截子转移，起不到减少农民，改变就业结构，使土地向务农劳动力流转、富裕农民的目的。把农村劳动力18??25岁的时间用在城里，把培养教育他们成本，以至他们退回农村结婚、生孩子、培养下一代劳动力和自己养老的成本也留在农村，实际上不利于工业化、城市化带动农村的发展，也使农民难以分享工业化和城市化带来的利益。
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