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根据国务院批准的《《全国社会保障基金理事会职能配置、部门、处(室)设置和人员编制规定》，理事会在借鉴国际养老金管理机构经验的基础上，设置了内部组织架构。
理事大会：由理事长、副理事长、理事组成，主要负责全国社保基金的重大战略决策。理事长、副理事长由国务院任命，理事由国务院聘任。
理事长：理事会的法定代表人和最高负责人。
办公厅主要职责：协调、处理机关日常事务，拟定机关规章制度；承担文秘、档案、机要、安全保密和人民来信来访工作；负责机关财务、后勤行政管理工作；负责机关人事、外事工作；起草综合性文稿，负责对外信息发布和新闻宣传工作；承办机关党委的日常工作。
基金财务部主要职责：负责落实基金资金的收入；按照投资方案安排、调度与划拨资金；负责基金会计核算，编制定期财务会计报告；监督、管理基金委托资产托管业务；安全保管基金资产。
投资部主要职责：提出基金资金投资运营策略建议，拟订投资计划和长期资产配置计划；开展直接投资业务；承办委托投资的有关工作，对委托资产运作情况进行监督和管理。
股权资产部主要职责：负责管理和运营基金股权资产，提出股权资产管理运营策略建议；办理国有股权划拨的有关事宜；根据全国社会保障基金理事会授权，对股权资产行使股东权益；组织实施股权资产的处置工作；负责股权资产委托运作的有关工作。
法规及监管部主要职责：负责对基金资产运作情况进行监督；拟订风险管理办法并实施风险监控；负责基金整体绩效评估；承办有关的法律事务；开展基金资产的内部稽核，对基金管理业务工作中的违纪违规行为进行调查。
信息研究部主要职责：拟订全国社会保障基金理事会计算机信息系统发展规划，负责系统的日常管理与维护，组织计算机软件开发；开展与基金发展相关的宏观性、综合性研究工作；研究社会保障机制的相关问题；草拟基金中长期发展规划。
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