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内设机构 国家税务总局设12个职能司(局、厅)：
(一)办公厅 处理总局机关日常政务，起草和审核有关文件和报告；负责会议组织、秘书事务、文电处理、文书档案、信访、保密、保卫、调研、政务信息和新闻发布；制定机关内部规章制度；管理机关财务和房产等行政事务。
(二)政策法规司 负责税政调查研究；组织起草税收法律法规草案和实施细则；研究提出税制改革建议；拟定税收业务的规章制度；组织实施对税收法规、规章执行情况的监督检查；承办重大税收案件的审理和行政处罚工作；办理税务行政诉讼和行政复议。
(三)流转税管理司 负责增值税、消费税、营业税的征收管理工作，制定具体的征收管理办法；起草有关法律法规草案；对有关法律法规在执行中的一般性问题进行解释和处理；组织办理有关税收减免中的具体事项。
(四)所得税管理司 负责企业所得税和个人所得税的征收管理工作，制定具体的征收管理办法；起草有关法律法规草案；对有关法律、法规在执行中的一般性问题进行解释和处理；组织办理有关税收减免中的具体事项。
(五)地方税务司(农业税征收管理局) 负责地方各税的税收业务管理，制定具体的征收管理办法；起草有关法律法规草案；对有关法律、法规在执行中的一般性问题进行解释和处理；指导地方税收征管业务；负责农业税、牧业税、农林特产税、耕地占用税、契税的征收管理；组织办理农业税特大灾歉减免中的具体事项。
(六)国际税务司(海洋石油税务管理局) 参与起草有关法律法规草案；研究提出国际间反避税措施；参加涉外税收的国际谈判，草签和执行有关协议、协定；承办与国际货币基金组织、世界银行等国际机构及外国税务机关的合作与交流业务，管理机关的外事工作；管理海洋石油税收业务。
(七)进出口税收管理司 提出制定进出口税收管理政策、规章和办法的建议与意见；组织实施有关计划，检查有关政策的执行情况；办理出口产品退税审批事项。
(八)征收管理司 组织实施综合性税收征管法规及规章、制度；指导税务登记、申报工作和税收资料的管理；负责税法宣传；管理税收发票和票证。
(九)稽查局 拟定税务稽查制度、办法并组织实施；办理重大税收案件的立案和调查的有关事项并提出审理意见；指导、协调税务系统的稽查工作。
(十)财务管理司 管理国税系统的经费、财务、装备和固定资产；监督执行税务系统财务制度；审核汇编直属单位的财务预，决算；办理各项经费的领拨；组织实施国税系统的内部审计。
(十一)计划统计司 汇总分析全国税收会计、统计信息数据；拟定税收计划和会计、统计制度并监督检查执行情况。
(十二)人事司 拟定税务系统的人事管理，管理国税系统的人事、劳动工资、机构编制工作；承办省级国家税务局正副局长及相应级别干部的管理工作，对省级地方税务局局长的任免提出意见；负责机关和直属事业单位的人事管理；组织实施税务系统的精神文明建设。 机关党委 负责机关和在京直属单位的党群工作。
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