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1、拟定国家环境保护的方针、政策和法规，制定行政规章；受国务院委托对重大经济和技术政策、发展规划以及重大经济开发计划进行环境影响评价；拟定国家环境保护规划；组织拟定和监督实施国家确定的重点区域、重点流域污染防治规划和生态保护规划；组织编制环境功能区划。
2、拟定并组织实施大气、水体、土壤、噪声、固体废物、有毒化学品以及机动车等
的污染防治法规和规章；指导、协调和监督海洋环境保护工作。
3、监督对生态环境有影响的自然资源开发利用活动、重要生态环境建设和生态破坏恢复工作；监督检查各种类型自然保护区以及风景名胜区、森林公园环境保护工作；监督检查生物多样性保护、野生动植物保护、湿地环境保护、荒漠化防治工作；向国务院提出新建的各类国家级自然保护区审批建议；监督管理国家级自然保护区；牵头负责生物物种资源(含生物遗传资源)的管理工作；负责外来入侵物种有关管理工作。
4、指导和协调解决各地方、各部门以及跨地区、跨流域的重大环境问题；调查处理重大环境污染事故和生态破坏事件；协调省际环境污染纠纷；组织和协调国家重点流域水污染防治工作；负责环境监察和环境保护行政稽查；组织开展全国环境保护执法检查活动。
5、制定国家环境质量标准和污染物排放标准并按国家规定的程序发布；负责地方环境保护标准备案工作；审核城市总体规划中的环境保护内容；组织编报国家环境质量报告书；发布国家环境状况公报；定期发布重点城市和流域环境质量状况；参与编制国家可持续发展纲要。
6、制定和组织实施各项环境管理制度；按国家规定审定开发建设活动环境影响报告书；指导城乡环境综合整治；负责农村生态环境保护；指导全国生态示范区建设和生态农业建设。
7、组织环境保护科技发展、重大科学研究和技术示范工程；管理全国环境管理体系和环境标志认证；建立和组织实施环境保护资质认可制度；指导和推动环境保护产业发展。
8、负责环境监测、统计、信息工作；制定环境监测制度和规范；组织建设和管理国家环境监测网和全国环境信息网；组织对全国环境质量监测和污染源监督性监测；组织、指导和协调环境保护宣传教育和新闻出版工作；推动公众和非政府组织参与环境保护。
9、拟定国家关于全球环境问题基本原则；管理环境保护国际合作交流；参与协调重要环境保护国际活动；参加环境保护国际条约谈判；管理和组织协调环境保护国际条约国内履约活动，统一对外联系；管理环境保护系统对外经济合作；协调与履约有关的利用外资项目；受国务院委托处理涉外环境保护事务；负责与环境保护国际组织联系工作。
10、负责核安全、辐射环境、放射性废物、放射源管理工作，拟定有关方针、政策、法规和标准；参与核事故、辐射环境事故应急工作；对核设施安全和电磁辐射、核技术应用、伴有放射性矿产资源开发利用中的污染防治工作实行统一监督管理；对核材料的管制和核承压设备实施安全监督。
11、负责总局机构编制和人事管理；组织开展全国环境保护系统行政管理体制改革。
12、承办国务院交办的其他事项。
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