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根据《国务院办公厅关于印发中国证券监督管理委员会职能配置、内设机构和人员编制规定的通知》(国办发[1998]131号)，机构监管部的主要职责为：草拟监管证券经营机构、投资咨询机构的规则、实施细则；审核各类证券经营机构、投资咨询机构的设立及从事证券业务的资格并监管其业务活动；审核证券经营机构、投资咨询机构高级管理人员任职资格并监管其业务活动；审核境内机构在境外设立从事证券业务的机构；审核境外机构在境内设立从事证券业务的机构并监管其业务活动。
机构监管部内设综合处、证券公司审核处、证券公司检查一处、证券公司检查二处和咨询机构监管处5个处，各处的主要职责是：
1、综合处负责部内行政文秘事务、综合协调、外资证券机构监管以及领导交办的其他有关事务。
2、证券公司审核处负责证券公司设立、变更与退出等事项的审核、证券公司高级管理人员任职资格管理、证券从业人员从业资格管理等。
3、证券公司检查一处负责中南、东北地区证券公司的检查与监管、证券公司承销、自营资格的审核及综合类公司业务有关政策的研究。
4、证券公司检查二处负责西北、西南、华北、华东地区证券公司的检查与监管、证券公司网上委托业务资格的合规性审核、证券服务部设立的审核及证券公司经纪业务有关政策的研究。
5、咨询机构监管处负责证券投资咨询机构设立、变更与退出等事项的审核、咨询机构高级管理人员任职资格管理、咨询机构从业人员业务活动的监管等。
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