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目前，在深圳市市、区属35家境内上市公司中，市属上市公司都是由深圳市三家资产经营公司直接或间接控制，其中投资管理公司(18家)、深圳市建设投资控股公司(8家)、深圳商贸投资控股公司(2家)。
深圳本地上市公司重组的基本思路是控股比例较高的优势公司，通过减持完善治理结构；处在竞争性行业的劣势公司整体出让控股权，完成国有资产的全面退出。
根据深圳市2004年国企改革的安排，可以把35家上市公司重组分成以下四大类：
一是加快竞争性行业企业的整体改制，涉及一致药业(000028)、深深房(000029)、ST深物业(000011)、深纺织(000045)4家公司；
二是将引进战略投资者和经营者员工持股结合起来，实行产权主体多元化。涉及的上市公司有3家，分别是ST特力(000025)、特发信息(000070)、深国商(000056)；
三是对国有股比重过大的企业实行国有股减持。涉及上市公司有深长城(000042)、深天健(000090)、深振业(000006)、深高速(600548)、深圳机场(000089)、盐田港(000088)，以及深能源(000027)；
四是要加快二级企业改制，做好整体改制的前期工作；有的要加快上市公司增发工作。其中城建集团二级企业包括上市公司---深万山(000049)，此前深万山的国有股转让已选定惠州市德赛集团；沙河集团二级企业包括由深华源重组而来的沙河股份(000014)；
五是深圳市区属上市公司也依从深圳市统一的重组部署，包括深宝安(000009)、深宝恒(000031)，金地集团(600383)。对于其他上市公司的重组，按照产业第一方针，通过减持部分国有股权、出让控股权、内部整合重组等方式，引进合格的战略投资者。要全方位引进中央189家大企业集团、国内各行业百强以及民营企业50强参加深圳本地上市公司的重组。
近期，深万山、一致药业已公布全部转让国有股方案。而在去年底和今年初，深圳市政府将部分劣势企业整体出让给企业经营者和员工，深天地(000023)、ST盛润(000030)也因控股股东深圳东部集团和深圳市莱英达集团控股权的转让，实现了员工和经营者间接持股，完成了国有资产的全面退出。赛格集团将控股的赛格三星(000068)转让给韩国三星集团，从而使原市属的赛格三星成为深圳第一家转让予外商的上市公司。此外，ST中华(000017)、ST石化(000013)、ST亿安(0000080、ST康达尔(000048)、深信泰丰(000034)一批原市属上市公司因业绩下滑等原因，已转让了控股权。
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