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对嘉利来公司投资币种和资金来源方面的瑕疵如何定性，各方有着不同看法，在终审判决生效之前尚难定论。但此前已有专家提出，通过本案，行政机关在权力运作方面的不规范问题逐渐浮出水面。
★问题一
行政机关的内设机构能否对外发文？
2001年9月25日，北京市工商局企监处向北京外经贸委发函，称未收到嘉利来公司出资证明的相关材料。这份公函是手写便函。
国务院发布的《国家行政机关公文处理办法》第十五条第二款规定：“部门内设机构除办公厅(室)外不得对外正式行文。”
商务部认为，这份《便函》是是北京市外经贸委作出627号批复的主要事实依据。而《便函》是北京市工商局企监处写给北京市外经贸委外资处的，其行文主体和格式都违反了《国家行政机关公文处理办法》，所以不能产生应有的法律效力。
★问题二
更换股东这样的重大事项，批复机关应否通知被更换的外商？
2001年9月27日，北京市外经委作出627号批复，将合作各方变更为北京二商集团有限责任公司、北京安华房地产开发有限公司和香港美邦集团有限公司，合作公司也更名为北京美邦亚联房地产有限公司。这份批复意味着香港嘉利来被清出局。随后，9月28日北京市外经委即向“新合作公司”颁发了批准证书，9月30日北京市工商局向“新合作公司”颁发了营业执照。就这样，从2001年8月23日至9月27日，在短短一个多月时间内，在未被通知的情况下，嘉利来公司被逐出了合作公司。
★问题三
企业能否为行政行为的法律后果提供经济担保？
2001年7月10日，二商集团向市外经委呈交了一份《担保书》，内容大意为：如因二商集团向经贸委提交了不实文件、事实及未履行申请权/权力主张所必需的法律与行政程序，以及外经贸委因核准该申请招致行政复议及行政诉讼和(或)因涉及司法程序而产生任何数额的经济损失或支出行为，二商集团将以现金形式无条件全额承担。
★问题四
下级机关可以不执行上级机关的行政复议决定吗？
原外经贸部于2002年7月2日作出了撤销北京外经贸委627号批复的行政复议决定。
我国《行政复议法》规定：行政复议决定一经送达，即产生法律效力。然而，北京市商务局并没有按照原外经贸部的行政复议决定，恢复香港嘉利来公司的股东地位。
针对北京市外经贸委长达一年之久拒不执行原国家外经贸部做出的行政复议决定，国务院办公厅于2003年7月29日下发“国办函[2003]51号”《国务院办公厅关于抓紧依法督促执行原对外贸易经济合作部外经贸法函[2002]67号行政复议决定的函》，要求国家商务部和北京市人民政府指导、督促北京市外经贸委和有关方面限期依法做好67号行政复议决定的执行工作。2003年8月14日，国家商务部下发特急通知“商法函[2003]32号”《责令履行通知书》，明确要求北京市外经贸委立即执行行政复议决定，立即下发恢复北京嘉利来房地产有限公司(合作公司)各合作方股东地位的书面通知，重新颁发批准证书，并于2003年9月15日前将履行该行政复议决定结果书面报告国家商务部。但据了解，时至今日，北京市商务局仍未履行行政复议决定。
依照《中华人民共和国行政复议法》第三十七条规定：“被申请人不履行或者无正当理由拖延履行行政复议决定的，对直接负责的主管人员和其他责任人员依法给予警告、记过、记大过的行政处分；经责令履行仍拒不履行的，依法给予降级、撤职、开除的行政处分。”
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