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集土地规划、土地审批、土地出让金收取等权力于一身的地方政府，往往自行其事，既当裁判又当运动员，而置国务院和国土资源部的政令于不顾。
12月28日，新上任不久的国土资源部部长孙文盛透露，中央决定对国土资源实行省级以下垂直管理体制。这次土地管理制度的改革事实上是1987年以来土地权力和土地利益的最大一次调整。
1987年以后，市场化取向的改革令土地和土地市场的重要性及价值日渐凸显。迄今，土地事实上已成为价值最高的一种不动产。土地权力也逐渐成为可兑现财富（税收）和利益的物化象征。如果说地方政府及其官员向土地谋求政绩亦可视为一种逐利（官）行为的话，多年来围绕土地这一核心业已形成一个复杂的利益集团体系。在这一利益集团体系中，国有土地审批中行使主要土地权力的是市、区政府及其职能部门，集体土地审批中行使主要土地权力的是县、乡（镇）政府及其职能部门。土地权力周围天然地形成土地寻租市场，腐败由此滋生。
近几年来，由于绝大部分土地有偿出让是以协议形式出让为主，土地的高价值属性往往体现于土地流转，但流转的增值部分并没有装入政府财政。2002年，全国土地使用权出让的收入，平均为每亩12.97万元，其中使用权转让、流转的收入平均为每亩23.47万元，后者是前者的近一倍。但土地流转的增值部分大多数被除政府之外的利益集团拿走了。
在整个利益集团体系中，以土地为生的农民是最脆弱的一环。没有话语权的农民很多选择了信访、上访。2002年和2003年，国务院办公厅、国土资源部和农业部涉及农民土地的信访、上访数量均大幅度增长。
我国目前实行的是五级（国务院、国土资源部、省土地厅、市土地局、县土地局）土地管理制度。这一管理制度的弊端是，集土地规划、土地审批、土地出让金收取等权力于一身的地方政府，往往自行其事，既当裁判又当运动员，而置国务院和国土资源部的政令于不顾。最直接也是最明显的例证是，国家决定自2002年下半年起，经营性土地全部实行招标拍卖挂牌，但2003年实行“招拍挂”的比例仅有35％。而与此形成鲜明对照的却是，全国查处的土地违法案件达16.8万件，比2002年官方公布的11万多件增加了约50％，而且还是在全国土地市场全面治理整顿、国家5部委兴师动众派员督察之际发生的。在土地违法案件中，政府及其职能部门违法批地和违法占用土地量都占有较大比例。
城市化和工业化进程的加速，对土地的需求在加大；而对于中国这样的一个人口仍在不断增长的大国来说，粮食安全问题永远不可轻忽，因此就有了“实行最严格的耕地保护制度”的提法。而土地市场面临的问题却是如此严重，形势是如此严峻。中央决定改革国土资源管理制度也在情理之中。
实行省以下垂直管理体制，可以减少市、县、乡（镇）政府对国土资源管理部门的行政干预。加强国土资源管理部门的职能、权力和责任，是试图从体制上防范新的“圈地运动”发生、落实保护最严格的耕地制度的一种尝试和努力。本质上，这项改革是对地方政府土地权力的一种“削藩”行为，是对土地利益的一次重大调整。而出于维护自身利益的需要，土地权力受到严格限制和削减的地方政府及其他受到影响的利益集团，也必然会作出反弹。
国土资源实行省以下垂直管理体制，仍有诸多悬而未决的问题。如土地管理部门与当地政府的关系如何划分，土地规划由谁制定，资金与职权如何分配，土地出让金如何收取，“招拍挂”如何推行等。工商、质检部门虽然实行了省级以下垂直管理体制，但近几年制假造假现象仍有增无减，虽然国土资源与工商、质检部门面临的问题及其形成的机制有很大不同，但对国土资源管理体制的改革，是否足以防范暴利驱动和政绩驱动下的土地寻租行为和圈地运动，落实最严格的耕地保护制度，人们仍抱有疑问。
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