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CEPA正式实施，深圳海关已做好准备，从2003年12月31日至2004年1月10日，实行24小时值班制度，确保CEPA实施初期各项适应工作顺利完成。另为免不法者利用CEPA优惠而从事走私活动，内地海关将赴港“查厂”。
深圳海关关长邹志武表示，当地海关的工作重点是确保香港原产地证书的查验效果，防止并非香港原产地的货品，以“香港原产地”产品的身份逃税入境，以提高效率及加快通
关速度。事实上，自动验放系统去年6月30日已在皇岗口岸正式启动，现已推广至深圳各大口岸，电子口岸报关系统也将正式发布。
深圳海关原产地办公室主任黎伟雄补充说，内地海关工作人员会严密监控，并不断与香港海关及工业贸易署加强沟通，进行各方面的风险分析，工贸署负责核发原产地证书，通过专用网络将相关资料发送到内地海关总署，每张原产地证书都在香港形成电子底账（内容包括证书编码、HS编码、货物总量及价值等资料），总署信息中心便传送到全国各海关口岸。
海关在执行入口商的原产地证书时，会核对上述项目，如核对成功者可在查验后放行；如核对出现问题者，入口商必须缴纳一定保证金，经查验后放行。至于缴纳的保证金，深圳海关会与香港作进一步核实，属于零关税身份者将获退款，倘发现不属零关税范围者，保证金将转成应缴税款。
邹志武强调：根据相关规定，深圳海关可行使职权，到港进口商工厂调查一些实际情况。至于具体如何操作，现尚未有细节的规定。港方在签发原产地证时会十分谨慎，如对于第三方货物在港改换包装充当港货之类的现象，香港工贸署会把关。
工贸署及香港5大商会将开始受理香港企业的原产地企业申报，为防止CEPA实施之初可能出现的问题，深圳海关已制定详细的实施预案，应对最初的“磨合期”。
邹志武表示，深港已建立直通热线，保持密切联系，确保CEPA运行顺利。深圳海关已全面检查与工贸署、香港海关及全国主要口岸海关联系配合渠道，建立热线联络机制，由去年12月31日至今年1月10日，将实行24小时值班制度，现已与工贸署互换值班表，以便及时协调解决CEPA货物通关过程中出现的问题。
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