1999年6月5日国务院对国家科技部和北京市政府的《关于实施科教兴国战略加快建设中关村科技园区的请示》进行了正式批复(即《国务院关于建设中关村科技园区有关问题的批复》)，这标志着中关村科技园区进入了一个全新的发展阶段。随后，原“北京市新技术产业开发试验区管理委员会”正式更名为“中关村科技园区管理委员会”。

　　目前中关村科技园区已形成“一区五园”的发展格局，包括海淀园、丰台园、昌平园 、电子城科技园和亦庄科技园。

　　作为中央编办和国家科委确定的《全国开发区行政管理体制和机构改革》试点单位和市政府派出机构，中关村科技园区管委会经市政府授权，具有市级经济管理权。中关村科技园区实行市区两级管理体制。管委会实行委员制，委员由市管委会、市政府有关部门和区县有关领导组成。

　　北京市副市长、建设中关村科技园区领导小组办公室主任刘志华任市管委会主任，海淀区代区长周良洛任第一副主任，建设中关村科技园区领导小组办公室副主任陆昊任常务副主任、党组书记，戴卫任常务副主任、党组副书记，任冉齐任副主任、党组副书记，张贵林、夏颖奇、刘卓军任副主任，赵慕兰任专职委员，园区负责人洪启忠、鲍玉桐、王金玲等同志兼任市管委会副主任。

　　中关村科技园区建设指导思想是：以江总书记讲话为指针，全面贯彻国务院《批复》精神；把握知识经济特征，遵循市场经济规律建设园区；坚持以人为本、以企业为中心；实施小政府、大社会的管理体制；充分利用首都丰富智力资源，发挥高等院校、科研院所和高科技企业的整体优势，加强技术创新，加速成果转化，实现产业化。

　　中关村科技园区建设工作思路是：政府在构建有利于技术创新和产业发展的硬环境、软环境和思想文化氛围三个层面上全面推进工作。同时在计划经济向市场经济转轨过程中，政府确有必要亲自整合区域创新资源，推进重要产业化项目发展和产业基地建设。

　　在硬环境建设方面，要通过标本兼治整治园区外部环境，加强基础设施建设，创造出适合高科技人才生活、工作的人居环境和高科技产业发展的科研、生产基地。

　　在软环境建设方面，要先在技术层面的人力资源、创业孵化、中介与社会服务、资本市场等四个体系上采取改革措施，并在制度层面的政府行为、政策体系及法律体系上实现突破，推动能有效促进区域高新技术产业发展所必需的机制和体制创新。

　　在思想文化氛围方面，要高度重视思想文化背景对经济发展的一般作用，牢牢把握什么样的思想文化背景对区域高新技术产业发展具有促进或阻碍作用，并努力营造与高新技术产业发展相吻合的思想文化氛围。

　　2002年5月