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11月1日，中国科学院建院55周年，温家宝和陈至立考察了中科院。温家宝指出，科技发展关键在人才，为此要“面向世界广揽人才，创造优秀人才脱颖而出的良好环境”；陈至立则强调改革科技体制，建立“绩效优先，鼓励创新、竞争向上、资源共享、协调发展、创新增值”的资源配置机制。
抓住了人才和体制，的确就抓住了科技创新的根本。但是，中国的科技发展，还面
临着巨大的结构不平衡与层次不协调的难题；突破这个难题，正是中国国家科技创新的关键。
以中科院为代表的科研院所体制改革迅速，科研成果丰富。对研究院所进行了深层次、大力度的改革，提高了科技创新能力，形成了较完整的创新体系。相反，中国的高等院校系统改革迟缓，业绩平平。高校既没有进入国家知识创新工程，科技创新体系未能形成，原始性创新能力缺乏，科研管理体制与机制严重滞后，队伍整合难，科技资源共享难，虚假科研成果评比活跃。高校近年来的改革仅仅集中在扩大招生规模和自主办学收费等环节，收取的学费或争取的经费大都用来扩建校园建筑，热心“造庙”，无人“念经”。
其实，从世界范围看，高校才应该成为一个国家科技创新的主力。据统计，发表于国际最高学术期刊NATURE和SCIENCE的论文总数，有2／3来自高校；在诺贝尔奖得主总数中，有3／4来自高校。世界排名前100所高校的诺奖得主占高校得主总数的94%，体现了世界一流大学强大的科技创新实力。而且，高校正成为经济增长的发动机，美国斯坦福大学、哈佛大学对硅谷、波士顿地区高科技发展提供了有力的知识贡献和人才支持。
在中国，政府直接“办”科研机构的力量强大，相反专业性的科技学会、协会发育缓慢，对科技创新的作用与影响甚小。这亦与世界发展科技的经验和趋势不符。科技发展依赖于自身的专业评价，需要大力发展专业性的学会、协会等学术团体。国际第一流科研机构如德国马普学会(MPG)、法国科研中心(CNRS)和德国联合研究会(DFG)等都是按照专业学术组织进行民间自主管理方式运作的。在这方面，中国需要促进专业性学术组织的建立和创办学术刊物的自由。
由政府直接举办科研机构和垄断科研评价，还产生了两个严重后果。第一是科研机构各自为政，资源很难共享。由于科研机构都有各自的行政隶属关系，条块分割，因此千方百计不让“外单位”使用资源，2003年排斥其他科学家获取“非典样本”即为一例。第二是进行虚假的科研成果评价，以套取国家的科研经费，有人戏称，现在高校的科研成果鉴定会应该成为打假的重点。
科技发展层次上的不协调同样不利。中国在“载人航天”上的成就举世瞩目，已经“顶天”，但尚未“立地”。中国的县(市)基层科技工作困难，已成为国家整体科技工作的最薄弱环节。全国90%的国土和80%的国民都包含在县(市)范围内，但全国30%的县(市)科技经费很少或者没有，近1／3的县(市)可支配的财政科技拨款在10万元以下，其中400个县(市)没有科技拨款。这当然导致了中国县域经济整体的结构升级缓慢和社会发展落后。
科技发展严重的不协调还体现在，政府高层对科技创新的重视与社会基层科学普及的困难、社会迷信的泛滥。2001年中国公众具备科学素养的比例为1.4%，而早在1990年，美国公众具备基本科学素养的比例就达到了6.9%。中央高层对科学的重视和倡导令人振奋，但目前社会上宣扬“神秘现象”、宣传伪科学的书籍小册子远远多于科普读物，迷信活动甚至打着科学幌子招摇撞骗的商业行为比比皆是。科学精神的普及和反科学活动的清除是中国迈向科技大国的前提。
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