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ETF的基金费用分为产品运作费用和产品交易费用。
广义的产品运作费用主要包括基金的管理费、托管费、指数使用费、登记费、市场营销费、律师费、注册会计师审计费和其他运作费用以及基金投资组合调整的交易费，而境外一般将除基金投资组合调整的交易费外的其他所有费用的总和称为基金运作费用。因此，基金的财务支出中的费用主要包括基金运作费用和基金调整投资组合的交易费两部分。
与其他基金相比，ETF的运作费用明显低于其他形式的基金。首先，ETF是指数基金，而指数基金的管理费都明显低于主动管理的基金，因此ETF的运作费用明显低于一般的主动管理开放式基金。指数基金的管理费率一般为每年0.2%，而主动管理的基金管理费率一般为每年1.5%，有些主动管理的基金管理费率甚至高于这一比例。其次，ETF的管理费则比开放式的指数基金更低，这是因为ETF一般都实行完全被动式管理，要求投资者用一篮子股票认购和赎回基金份额，省略了用现金买卖股票应付申购和赎回这一个程序，采用几乎百分之百地被动式管理，因此比一般开放式指数基金的管理费用还低。如Ishare管理费仅为0.07%，道富银行推出的SPDR管理费也仅有0.12%。
产品交易费用分一级市场的申购、赎回费用和二级市场交易费用两类。就我国目前的情况而言，ETF一级市场申购赎回费用可以比照一般的开放式基金，由基金公司按现有法规的基本规定设定。ETF在二级市场的交易费用与封闭式基金相同，并且同样不收取印花税，投资ETF获得的基金分红和差价收入也不需交纳所得税。
上证50(资讯 行情 论坛)ETF的基本费用安排情况
类别 费用种类 上证50ETF
基金费用 管理费 0.5%
托管费 0.1%
一级市场交易费用 认购费 100万份以上：1%；100万份(含)-1000万份：0.8%；
1000万份(含)以上:0.5%
申购费 不超过申购份额的0.5%
赎回费 不超过申购份额的0.5%
二级市场交易费用 交易佣金 不高于0.25%
印花税 免收
过户费 免收
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