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上海的综合保险已初显成效，但仍存在一些先天障碍。中国民主同盟会(下称“民盟”)上海市委“关于在沪流动就业人员社会保障的几点建议”提案中建议，上海的综合保险制度应借鉴其他城市经验，为流动人口设立个人社保账户，账户可以随流动就业人员在不同城市间流动。
2002年9月，《上海市外来从业人员综合保险暂行办法》规定，流动就业人员有单位的
，综合保险费用由单位承担，个人不承担；无单位自谋职业的，费用由个人承担。据上海市劳动和社会保障局公布数据，截至2004年年底，全市参加外来从业人员综合保险的单位达到9.8万户，参保人数已达209.4万人。
2004年下半年，民盟上海市委研究室与上海市劳动和社会保障局外劳力(外来劳动人口)就业管理中心联合完成的一份《对流动就业人员社会保障的思考与对策》调研报告显示：上海首创综合保险为498万流动人员提供了具有较强操作性的社保体制，适应流动人员的需要和特点，适当降低了外来劳动力的用工成本，缓解了部分矛盾。
但是，国家社保政策的方向最终是全国统筹，而实现全国统筹的基本条件是需要有明确的社会保险个人账户，报告执笔人、民盟上海市委研究室研究员周自翔表示，上海综合保险最大的缺陷就在于没有设立个人账户。
周自翔分析说，流动就业人员如果离开上海，在上海缴纳的综合保险工伤保险和医疗保险部分等于一笔勾销，到其他城市后又需要从头开始办理社会保险，以后要实现社会保险的全国统筹，流动就业人员的这部分社保就会出现断档，且无据可查。
在上海为流动就业人员实行综合保险的同时，广州和深圳等地从一开始就将流动就业人员的社会保障纳入了原有的城镇社会保险体系，为流动就业人员设立个人账户，只是在缴费标准和支付办法上，外劳力与上海市职工有所不同，即鉴于流动人口流动性强的特点，允许流动就业人员在离开城市时一次性将个人账户的基金取出带走。
复旦大学从事流动人口社保专题研究的封进博士认为，在养老保险方面，应对流动就业人员采用个人账户制。这些个人账户基金在必要时可以与城市居民社会保障体系的基金统筹使用，当账户所有人去其他城市工作时，其个人账户应跟随本人一起转移至另外的城市；如账户所有人永久性地回到尚未建立社会保障体系的原籍地时，可以从账户内一次性提取现金。
“这其中有一个原则，就是当流动就业人员流动时，其个人账户必须是‘实’的。”封进说。
上海市社科院经济研究所所长助理权衡认为，上海现在实施的综合保险只是一个过渡性政策。解决问题的根本在于消除户籍制度的二元化，而现在急需做的技术性工作，是实现地方政府之间的对接，让农民工的社会保障关系能够自由转移。
对此，民盟上海市委提交的政协提案中建议：上海的综合保险应逐步向小城镇社会保险体系过渡，建立流动就业人员个人社会保险账户，并坚持做实、做好个人账户，在全国统一的基本社会保障体系出台之前，上海应改变现收现付、连续了断一次性领取的做法(外来就业人员每缴满12个月的综合保险费后，可以领取一张养老凭证，待退休后，凭此证领取养老保险金。如未缴满12个月，则之前上缴的)，做好个人账户的征缴、封存、监管工作，并建立信息网络平台，为流动就业人员的异地社会保障将来的转移做好准备。
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