作为曲阜市集文物收藏、研究和展览为一体的综合性博物馆——孔府文物档案馆，其馆藏文物十分丰富，字画一项总计6500件，主要为孔府旧藏。

　　孔府旧藏的花鸟画作品虽不能与北京故宫所藏的花鸟画作品相媲美，但因孔府的特殊地位，亦不乏珍品。有些为朝廷赏赐，比如慈禧赏赐彭氏婆媳二人的《松鹤图》，有些为友人赠送。其中清郑板桥为孔府特画的《竹兰图》、慈禧绘赐《松鹤图》是孔府珍藏的瑰宝。引人注目的还有孔子七十四代孙衍圣公孔繁灏的继配夫人毕景桓绘的《蝴蝶册》16幅和《花篮册》12幅，所绘100余种蝴蝶，个个色彩鲜艳，婀娜多姿，晶翅透明，宛如真蝶。其中主要的作品有：

　　郑板桥《竹兰图》：纸本水墨，纵138厘米，横70厘米。图绘墨竹、兰草、灵芝3盆。款“癸酉九秋板桥郑燮”，朱文印2方：“潍夷长”、“横扫”，并有长篇题跋，叙述作画原由。此图作于清乾隆十八年，所绘兰、竹寥寥数笔，劲秀挺拔，疏宕洒脱。郑板桥善画兰、竹、石，尤精墨竹，承袭徐渭、石涛、八大山人之技法，擅长水墨写意。他笔下的竹、兰，挺劲弧直、歆幽雅香，具有一种刚正、弧傲的性格，表现出“倔强不驯之气”，这就是自己理想和人品的化身。在艺术手法上，郑板桥主张“意在笔先”，用墨干淡并兼，笔法疲劲挺拔，布局疏密相间，以少胜多，具有“清癯雅脱”的意趣。他还重视诗、书、画三者的结合，用诗文点题，将书法题识穿插融汇于画面之中，形成完整、和谐的统一体。画竹是“以书之关，纽透入于画”。画兰是“借草书中之中竖，长撇运之”，进一步发展了中国特有文人画的特点。此幅墨竹、兰草、灵芝三聚，内涵丰富，寓意深远，是一难得的艺术珍品。

　　《松鹤图》：纸本，画面纵115厘米，横55厘米，画面磁青地，泥金绘。画右下绘古松一株，左上绘一仙鹤空中飞翔。右上题“光绪甲午季秋下浣御笔”，钤“大雅斋”、“镜荣烛和”、“永寿乐恺”印。正上方为“慈禧皇太后之宝”方印。左下题七言诗一首：“九皋声远和鸣时，一幅高秋画入诗。最是朝阳渲染处，金光飞上万年枝。”为王懿荣所题。这幅《松鹤图》是衍圣公孔令贻奉母挈妻进京，朝贡慈禧六十大寿时所赐。松、鹤是传统绘画中常见的吉祥题材之一，寓祥瑞长寿之意。此画清新高雅，意境深远，寓意明确，既表现出我国传统文化的内涵，又反映了孔氏家族与清廷特殊的政治关系。

　　《毕景桓花卉册》：纸本设色，纵31.3厘米，横39厘米，分《蝴蝶册》16幅和《花篮册》12幅，被绫裱1册，内容为各色蝴蝶、花篮。首页题：“此册并蝴蝶册皆毕太夫人所绘，花篮共十二，各有不同彩色，百余年犹如新，足见笔力皆过于纸背，非平人所能及也。曾孙德成敬记。”册页可见朱文印多方，有“毕”、“景桓”、“毕景桓印”、“象花写照”、“少英女史”、“少英”、“绣余生活”等。此册页工笔重彩，笔力柔媚，设色鲜明，写实逼真。从题记中可以看出此画册在孔氏家族中的影响和地位。