林毅夫坚持用现代经济学的方法深入研究中国的经济改革和发展问题，并从中国经济改革与发展的实践经验教训中总结、提炼出一般性的经济发展理论，不仅对于发展经济学和制度经济学理论发展做出了重要贡献，而且也为中国改革过程中经济政策的制定提供了许多良策，同时积极推动了规范化的经济学研究方法在国内的运用。

　　他运用现代经济学的方法研究了中国农村耕作制度的变迁及其对中国农业发展的影响，并进一步上升为对制度变迁理论的一般性思考，提出了诱致性制度变迁和强制性制度变迁概念，为国内外学者研究制度变迁提供了一个富有启发性的分析框架。

　　林毅夫以经济学的基本方法分析近几十年来发展中国家、特别是中国改革前后的经济实践中的若干经验教训，通过对大量历史证据的归纳，系统提出了经济发展的比较优势战略理论，该理论通过引入“企业自生能力”概念，放弃新古典经济学中“所有企业都具有自生能力”的隐含假定，从要素禀赋-比较优势-产业技术结构-发展战略-制度结构的基本逻辑出发分析经济转型和经济发展问题，引起国内外经济学界的广泛关注。此外，他还进一步研究了发展战略与收入分配的关系、发展战略对金融结构的影响、发展战略与对外经济开放的内在联系等问题，从而初步建立了一个一般的发展经济学理论体系。

　　他的获奖著作为《自生能力、经济发展与转型：理论与实证》(北京大学出版社，2004年)。该书在比较优势和发展战略的统一分析框架下，阐述了政府的发展战略影响企业的自生能力、经济体系中的各种制度安排和经济绩效的理论逻辑，并力图以中国和其他国家的发展经验来检验这一理论逻辑的各种推论。该书对发展中国家和转型中国家的经济发展和改革问题,提出了一套逻辑比较严密的理论体系，为中国经济改革和发展提出颇有价值的政策建议。

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