蔡昉研究了经济理论和政策的诸多领域，侧重经济发展问题，包括三农问题、经济增长、人力资本与劳动力市场，以及人口与经济发展关系等。最为突出的是对中国经济发展战略和改革问题的研究，形成了把改革与发展相结合的研究特色, 在国内外学术界具有广泛的影响。

　　他关于三农问题研究的突出特点，是将其特殊的部门现象、产业现象和群体现象与整体经济发展和改革结合起来，纳入规范的发展经济学和制度经济学实证分析框架。

　　他与林毅夫和李周合作，从发展战略选择与资源禀赋之间的矛盾出发，分析了传统经济模式内生地形成的逻辑、因同一逻辑而形成的改革方式和遇到的难点，并提出一系列改革的政策建议。他关于发展战略和改革方式研究的突出特点是：一方面，把规范的现代经济学分析方法，应用到中国发展和改革的实际中，因此，问题的讨论就成为经济学主流的话题，进而在长达十多年的研究中始终保持理论逻辑的一致性；另一方面，突破了传统新古典经济学的一些与中国现实不符的假设，从而与中国的问题联系更加紧密。这使中国经济学不仅在实证上，而且在理论上对一般经济学做出贡献。

　　他认为，贫困不仅仅表现在收入的不足上面，更由于人文发展不足而表现为能力的贫困，从而不能打破贫困的恶性循环。因此，他指出人文发展作为发展手段和目的的统一，应该作为消除贫困战略和区域平衡战略的实施重点。

　　此外，蔡昉从80年代研究农村劳动力转移开始，逐渐转向劳动经济学领域，并组建了国内最有生产力的劳动经济学研究团队。首先，从论证农村劳动力转移在发展过程中的不可避免性及其意义入手，逐渐对劳动力流动的各种特征及其制度环境进行了全面的理论分析和经验检验。其次，分析了二元劳动力市场的形成，以及中国就业、失业和社会保障等一系列劳动经济学问题。第三，从人口经济学角度分析中国人口政策、就业政策和探讨经济增长的可持续性。

　　他撰写的“中国经济面临的转折及其对发展和改革的挑战”(《中国社会科学》，2007(3))为获奖论文。该文对刘易斯模型进行拓展和修正，描述中国在改革开放之后的二元经济发展路径及推动经济增长的主要因素，并提出了相关的政策建议，包括：利用人口红利、比较优势、全要素生产率改进和更广泛参与全球竞争等。进一步研究了制度创新和政策调整面临的挑战及其应对策略，认为中国经济发展已经到达劳动力无限供给特征逐渐消失的“刘易斯转折点”阶段，据此提出了重要的政策建议。

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