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近年来，审计署驻长沙特派办按照审计署的部署，以促进国家“三农”政策及其重大经济决策的落实作为涉农审计工作的主要目标，及时总结经验，深入实践，重点揭示涉农资金在分配、管理、使用环节上存在的问题，及时反映由于体制、制度或管理方面的原因造成国家“三农”政策目标难以实现的问题，为促进农业经济发展，保障农民合法权益，推动社会主义新农村建设作出了应有的贡献。
在湖南省中小学危房改造工程资金专项审计调查项目中，该办着重从体制上和管理上分析中小学危改政策的实施效果，针对审计调查中发现的中央危改财政投入体制不完善、管理不规范等问题，提出了完善财政投入体制，建立中小学危房改造的长效机制，加强危房改造工程的管理等政策建议，得到了湖南省政府的高度重视和充分肯定。湖南省政府针对审计调查情况，全面部署整改工作。加大了省级财政配套力度，2005年度财政配套资金9500万元已全部到位；立项申报和项目管理等环节存在的问题已初步得到整改；一些仍在使用的危房已拆除，确保了广大师生的生命安全，收到了良好的社会效益。
在福建省县级农村公路改造工程及通达工程专项审计调查项目中，该办有针对性地指出现有国家农村公路投资计划管理体制存在的弊端，积极反映了福建省创新实施的“激励”管理模式更能适应农村公路建设的特点，揭露了福建省县乡公路在养护体制、项目建设管理过程中存在的突出问题，成效显著。福建省交通厅根据该办的审计意见和建议，重新制定了农村公路补助标准，提高了对经济欠发达地区的补助力度，并下发了《关于调整农村公路建设省级抽检工作周期的通知》，加快了资金下拨进度。同时，制定了《农村公路改建项目环境管理框架》、《农村公路建设项目征迁安置政策框架》等文件，规范了政府行为，保护了农民的利益。
在湖南省潭邵、邵怀及常张高速公路审计项目中，该办以征地拆迁资金的管理和使用环节作为审计重点，反映的征地拆迁资金被挤占等问题，引起了湖南省政府及沿线各级政府的高度重视。为此省政府专门发布了征地年产值标准、切实做好被征地农民生活保障工作等6个文件，相关部门积极整改，尽力追回违规资金，以保障被征地农民的权益。
在湖南省政府管理使用中央转移支付资金情况专项审计调查中，由该办与上海、武汉、深圳办联合组成的审计调查组，按照财政审计“一体化”模式，把各项涉农资金捆绑审计，突出整体性、宏观性，注重效益性、建设性，重点揭露中央转移支付在体制、机制和管理上存在的问题、矛盾和弊端，促进中央转移支付的规范，提高中央转移支付的效益。审计署领导来长沙办听取项目审计情况汇报后，对该项目前阶段的工作给予了肯定。
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