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目前，大部分行政事业单位都纳入了会计集中核算。实行会计集中核算，给审计工作带来了新的困难和挑战，作为审计部门必须用新的办法和新的对策与之相适应，紧跟财政改革步伐。
第一，完善审计程序。一是在审前调查方面，除调查被审计单位外，还应调查会计集中核算中心。二是审计文书既要送达被审计单位，同时还需要抄送会计集中核算中心。三
是在审计承诺书的签署和审计证据的签字上，应由被审计单位和会计核算中心同时签字、盖章。四是审计报告征求意见方面，要征求被审计单位的意见，同时也征求会计核算中心的意见，被审计单位和会计核算中心应当分别对审计报告列举的事实和提供的数据进行认定。
第二，审计重点应有新突破。要以真实性审计为重点，检查财务支出的转移情况。实行会计集中核算后，一些单位为了使一些不合规的支出合法化，有的可能采取巧立名目、弄虚作假的手法进行报销；个别单位还可能将有些费用转嫁到下属单位或企业报销。对此要从真实性入手，采取内查外调的方法，广泛听取群众意见，合理测算单位费用支出比例，下大功夫进行查处。要采取多种方式，深挖账外账和私设“小金库”问题。
第三，要把握违规违纪问题的责任划分。对进入会计集中核算的单位审计时，在审计问题的定性上，与传统的会计核算形式不同的是，实行会计集中核算后，有些问题涉及到了会计核算中心，对此，审计人员应从以下三个方面进行把握：一是财务收入的真实性、合规合法性，以及财务支出的真实性由被审计单位负责。二是会计核算业务的正确与否应由会计核算中心负责。三是财务支出的合规性、合法性以及有关票据的真假由被审计单位和会计核算中心共同负责。
第四，加大对会计核算中心的整体监管力度。财政、审计、监察等部门成立核算中心监管组，定期不定期对其进行监督形成合力，加大对财政的管理和监督运行，保障各单位的经费及时准确的核拨、核算、使用、规范会计事项，促进各单位正常运作。重点审查会计核算中心与被审计单位有无相互衔接、切实可行的内控制度；审查纳入会计核算中心管理的专项资金是否及时拨付，有无无故滞留或有意拒付；审查进入会计核算中心的各项资金特别是大宗资金的流向是否合理、合法。（王志义 高文郎）
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