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2005年，新疆自治区审计厅对自治区本级基本医疗保险基金进行了专项审计，发现医保基金在筹集、管理和使用方面，存在政策制度不完善，业务操作违规，少数定点医院弄虚作假，采取挂床住院的方式骗取医保基金等诸多问题。
对审计发现的问题，审计厅按照国家有关法律法规，分别对有关单位进行了处理并提出整改意见。同时，以审计专题报告的形式，向自治区人民政府反映，并提出了尽快规范
医保个人账户铺底资金、加强对医疗保险门诊慢性病和定点医疗机构管理等建议。自治区人民政府高度重视，政府主要领导作了重要批示。
自治区劳动和社会保障厅和自治区社会保险管理局医保中心积极进行整改，追回了被5所定点医院套取的医保基金，同时制定和完善了相关管理制度，先后出台了《关于完善医疗保险费用结算办法》和《关于自治区基本医疗保险定点单位实施信用等级管理的意见》等10个配套办法，规范医疗保险经办机构的业务操作和监管行为。目前，自治区社保局已明确限定了医保个人账户铺底资金每年度3000元的最高注入额度。对慢性病患者，规定必须持有住院病历和相关检查报告，严格确认和控制发放慢性病诊疗本。从计算机管理程序上限定了慢性病就诊不少于3天的间隔期，同时对14种慢性病费用区别情况限定了年度最高结算额。医疗费用实行定额考核和单病种结算，并建立了计算机数据分析和预警机制，定期对出现异常数据的参保职工和定点医院进行跟踪检查和回访。
上述整改措施，不仅遏制了全区医保费用快速超常增长和骗保等违规行为的发生，而且逐步规范了医保基金的安全有序运行，促进了全区社会保险制度作用的有效发挥，充分体现了审计机关的监督和服务职能。
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