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近年来，重庆市审计局按照“围绕中心，服务大局”的要求，坚持把涉农审计作为服务“三农”工作的重要手段，切实加大审计监督力度，为推动全市农业农村经济快速发展做出了积极贡献。
据统计，2004年以来，该局先后立项18个，对224亿元涉农资金进行审计。共计查出截留滞留农业专项资金6.9亿元、挪用侵占转移资金6.7亿元、损失浪费资金1523万元，促进
归垫农业专项资金1.5亿元；共向各级司法机关、纪检及有关主管部门移送处理案件线索13件，涉及25人；上报农业审计（调查）报告、审计信息、审计要情79篇，被审计署、市委、市政府批示采用59篇，有关部门针对审计反映的问题和提出的建议，出台政策性文件10余个。通过审计，规范了农业专项资金的管理，维护了农民群众利益，推动了支农惠农政策的落实，提高了农业资金的使用效益。
为了搞好涉农审计，该局重点抓好四个方面工作：
一是抓计划编制。坚持把涉农审计作为预算执行审计的重要内容，紧紧围绕全市为加强“三农”工作实施的农业产业化百万工程、百个经济强镇工程和百万农村劳动力转移就业工程，以及群众关注的热点、难点问题，确定农业审计项目，提出重点部门和重点资金三年审一轮规划。
二是抓审计重点。结合区县领导经济责任审计，重点关注领导涉农项目决策的科学性；结合财政财务收支审计，重点关注涉农资金管理的规范性；结合涉农工程项目审计，重点关注资金投入的效益性；结合专项审计调查，重点关注涉农资金运行的安全性。
三是抓方法创新。坚持审前调查与试点审计相结合，科学制订审计实施方案；坚持传统审计与计算机辅助审计相结合，努力提高审计工作质量和效率；坚持传统审计与效益审计相结合，重点查处和反映决策失误、管理不善造成涉农资金的损失浪费问题；坚持审计与审计调查相结合，注重从宏观层面反映问题、分析原因、提出建议。
四是抓力量整合。坚持“全局一盘棋，打好总体仗”，在统一方案、统一通知、统一实施、统一定性、统一处理的基础上，组织有关区县审计机关力量进行同级审计；对重点项目、重点资金采取区县之间交叉审计，提高审计质量；对部分项目选择部分区县进行重点抽查审计，提高审计效率。
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