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6月底，国家审计署审计长李金华在《关于2005年度中央预算执行的审计工作报告》中剑指转移支付，让对“跑部钱进”等现象的讨论再次白热化。
李金华已经几次对转移支付“开炮”了。6月3日，在“中国科学与人文”论坛上，李金华曾形象地打了个比喻：中央转移支付从中央部门一直流到村庄，渠道很长，这个水渠是要“渗水”和被“截流”的，有时候水流到村里面就没有了。
2005年，审计署对20个省(区、市)地方预算进行抽查发现，中央预算编入地方预算有3444.27亿元，约占中央实际转移支付7733.65亿元的44.5%，这意味着中央转移支付有一半以上没有纳入地方财政预算，完全脱离了人大的监督，有的甚至脱离了政府的监督。
这次的审计报告中，提出了地方财政对中央税收返还和补助收入预算编报不完整、部分专项转移支付项目设置交叉重复、分配制度不完善、资金投向较分散等问题，并指出了中央部门在部门预算中安排中央补助地方支出的做法的不妥之处。
据不完全统计，2005年中央财政分配的239项专项转移支付项目中，有41项存在内容交叉重复的问题，涉及资金156.37亿元。这就出现了项目设置交叉重复和资金投向较为分散等问题。
人大常委会委员张肖指出：“这239项哪些是必须保留的？哪些是可以取消的？哪些是可以整合的？我认为应该把这个问题作为一个重点问题，人大常委会要进一步监督。”
此外，这么多转移支付的资金分散掌握在中央不同的部门手中，不利于充分发挥资金的使用效率。
以前大家“跑部钱进”，这个“部”主要是指财政部和发改委，而现在已经不仅局限于这两大部委了。目前，参与中央转移支付资金分配的部门多达37个。
以农村问题为例，国务院扶贫办、农业部、水利部、教育部、科技部、发改委都掌管着农村建设的一部分钱。一个基层单位到这个部委“跑部钱进”未果，可以换个名目到另外一个部委“跑部钱进”，当然还可以多管齐下。
同时，有了一块钱，也就有了一块权。伴随中央各个部门管的钱越来越多、管的事越来越多，涉及的话语权也越来越大，部门预算和权力也有越来越膨胀的趋势，这将不利于推进政府行政体制改革。
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