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2005年，发改委积极组织实施十届全国人大三次会议审议通过的国民经济和社会发展计划，组织分配5项共1574.76亿元中央政府财政性建设资金。这次审计发现中央政府投资管理中存在的主要问题是：
1.至2005年底，尚有国债资金234.54亿元没有安排下达或投入使用，占当年可安排国债投资的20.1%。其中，发改委未下达投资计划，结转下年58.25亿元；因投资计划下达较
晚，以及地方财政部门对部分国债转贷资金未按规定向财政部作出还贷承诺等，财政部对发改委已安排的投资计划153.48亿元未拨付资金；已拨付的国债投资有22.81亿元结存在南水北调工程项目，未投入使用。上述做法影响国债投资的预期效益，也增加了国家的债务成本。
2.对354.4亿元中央预算内投资，发改委年初下达计划267.37亿元，扣除其中含有的可行性研究报告尚未批复和“打捆”项目22.98亿元，以及未细化的投资1.67亿元，实际落实到项目242.72亿元，占当年中央预算内投资的68%，未达到“有预算二次分配权的单位年初下达预算要达到当年预算75%以上”的要求。
3.在“淮北大堤除险加固工程”等5个项目的可行性研究报告、“淮河干流上中游河道整治及堤防加固工程”等5个项目的初步设计尚未得到批复的情况下，发改委下达中央预算内投资计划10.9亿元，不符合国家关于基本建设程序的规定。
4.2005年10月，发改委在下达煤矿安全改造项目投资计划时，对财政部已拨付关闭破产补助38.33亿元的10个资源枯竭型关闭破产煤矿，安排安全改造资金2741万元。对政策性关闭破产煤矿，不应再安排安全改造资金。
5.部分补助地方投资项目还存在额度较小，不利于更好地发挥中央政府投资效益的问题。审计抽查122.52亿元的10项国债投资计划，共安排13488个项目，其中100万元以下的项目11479个,占总数的85.1%(20万元以下的项目2628个，占总数的19.4%)。
6.部分专项投资存在内容交叉，资金多头审批安排的现象。2005年，发改委、交通部分别使用“中央预算内投资”、“国债投资”、“车购税”和“以工代赈”等资金263.3亿元，安排“县际和农村公路改造”、“通达工程”、“乡村公路”等6项专项投资,这些专项均涉及农村公路建设，内容相近，资金多头下达。发改委内部有些业务司在专项投资设置上也存在不整合、内容交叉，甚至重复安排投资计划的现象。
7.去年中央预算执行审计中曾发现，发改委到2004年底才下达“优质粮产业工程”、“动物防疫体系工程”当年国债投资计划。从今年审计情况看，这一问题仍未得到解决。因发改委与农业部对这两个项目应以谁为主下达投资计划的意见仍不一致，致使这两个项目2005年度的投资计划直到当年11月27日和12月30日才下达。
国家审计署认为，目前，部分中央政府专项投资没有制定具体的管理办法，或管理办法未公开、缺乏明确的资金分配标准，这是造成一些项目确定及资金安排不够规范、不够科学的主要原因。为此，要根据投资体制改革的要求和实际需要，尽快研究规范各专项投资管理办法，尽可能做到资金分配标准公开透明，项目安排程序规范。
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