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2005年，中央财政综合运用多种手段，加大对地方特别是中西部地区的支持力度，进一步加强了转移支付资金管理，改善了转移支付结构。审计调查发现的主要问题是：
1.地方财政对中央税收返还和补助收入预算编报不完整。究其原因，一是中央预算年初没有将中央补助地方支出分解到地区和项目，而且省本级预算编报的时间早于全国人大审查批准中央预算的时间，地方政府在编制预算时难以对中央补助资金特别是专项补助的数
额作出预计。二是一些地方政府及其财政部门自觉接受人大监督的意识不强。虽然财政部2005年提出了“按上一年执行数或上级下达的预计数编报”的原则要求，但各地在实际执行中仍不规范。年初预算编报不完整，致使预算执行结果与年初预算出入较大；未编入预算的这部分资金实际上脱离了省级人大的审查监督。
2.部分专项转移支付项目设置交叉重复、分配制度不够完善、资金投向较为分散。目前参与中央转移支付资金分配的部门多达37个。据不完全统计，2005年中央财政分配的239项专项转移支付项目中，有41项存在内容交叉重复的问题，涉及资金156.37亿元；有65项没有管理办法或管理办法未公开，涉及资金705.89亿元，占专项转移支付资金总额的20%。
3.2005年，15个中央部门在部门预算中共安排中央补助地方支出383.69亿元。这种由中央主管部门对口下达补助地方资金的做法，打乱了正常的预算管理级次和资金分配渠道，造成中央财政本级预算支出和补助地方预算支出不真实，不利于地方政府的管理和人大的监督。一些资金名义上是专项转移支付，实际用作部门经费或系统内经费补助。
国家审计署建议，改进中央补助地方支出预算编报方式，清理整合专项转移支付项目。
在补助地方支出中，专项转移支付资金使用分散、部门职能及项目内容交叉重复的问题还比较突出，影响资金的使用效益和国家相关政策目标的实现。今后，要严格控制专项转移支付项目的设置，新增项目须报经国务院批准；对到期的专项转移支付项目要及时清理，逐步整合现有专项转移支付项目，统筹安排转移支付资金；改进资金分配机制，对明显属于地方事权范围内的事项，具体项目的确定交由省级政府办理，中央主管部门主要通过政策、规划和必要的监督检查，指导地方管好用好专项转移支付资金，促进经济和各项社会事业发展。
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