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上海农工商集团积极与国内外企业、科研单位合资合作，组织“产学研”联盟，开展科技攻关，推进社会主义新郊区、新农村建设。
光明乳业、光明荷斯坦牧业和杰隆生物公司合作开展的市科教兴市重大产业科技攻关项目《优质奶牛肉牛育种项目》，已取得阶段性成果；上海市奶牛育种中心已形成200头种公牛规模，成为全国优秀公牛种质重要生产基地，冻精和胚胎的产销量与销售额居全国前茅
；上海奶牛育种中心的DHI测试系统控制的牛头数已达6万头；开发的HERP牧业资源管理信息系统，对动态监控牧场全程生产，使母牛群育种信息的采集更为科学；开展的性别控制技术研究，可从妊娠6个月以上的母牛血液中检测出其SRY基因；2008年，上海奶牛育种中心将建成国内最大的DHI测试网络和最大的奶牛、肉牛种质资源库，种奶牛场的规模、生产水平将居国内第一、亚洲一流。上海鲜花港与荷兰、以色列、德国等政府及多家花卉生产企业共同开展现代园艺技术开发与生产合作，经美国农业部检疫检验局官员的实地检测后，成为国内唯一取得向美国直接出口花卉种苗的企业，目前正在作进入欧盟的质量认证工作。上海鲜花港企业发展有限公司与专家合作承担市重大产业科技攻关项目《花卉种源和产业发展关键技术创新》， 开展对国内外野生花卉的种质资源收集、转育和引进品种的二次创新等研究，建立现代化的种质资源库，《非洲菊的收集、保存与繁育》等研究已通过科技成果鉴定，达到国内领先水平。
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