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近年来，兖矿集团坚持“自主创新、重点跨越、支撑发展、引领未来”方针，始终把实施科技兴企战略、提高自主创新能力作为增强核心竞争力的关键环节，不断增强了企业的竞争能力。
一是建立以企业为主体、市场为导向、产学研相结合的技术创新体系。建成“一站、两中心”（企业博士后科研工作站，国家级技术中心，国家级工程研究中心），成立技术
委员会、专家委员会，实行研发项目合同管理制、首席专家负责制，形成决策咨询、技术研发、科技管理、成果转化为一体的自主创新平台。建立符合市场经济规律的研发投入机制，明确与技术创新体系相配套的科技资金来源渠道。“十五”以来，累计投入研发资金22.1亿元，获国家政策资金支持2.5亿元，占兖矿集团销售总额的3.2%；取得重点科技成果384项，获省部级以上科技进步奖86项，研制新产品48个，完成国家“863”、“十五”科技攻关等国家级重点科技项目10项，80%以上成果实现向现实生产力转化。兖矿集团被列为全国技术创新试点企业，连续9年被评为煤炭工业科技进步十佳企业。
二是创新综采放顶煤技术，建设高产高效矿井。坚持以重装备、高可靠性、自动化为方向，不断培植和发展煤炭生产核心技术。具有自主知识产权的综采放顶煤技术，获国家科技进步一等奖。开展“十五”攻关“年产600万吨综放装备及工艺技术研究”，形成国内能力最大、性能最好、安全可靠性最强综采成套装备和工艺，创出日产2.41万吨、月产63.17万吨、单产684万吨全国综放工作面新记录。自主研发出国际上第一套两柱掩护式放顶煤支架，向德国DBT公司转让专利技术有限使用权，实现向发达国家输出先进采矿技术的历史性突破，在首届亚洲采矿大会上被推举为引领世界采矿装备技术重大突破的创新项目 “十五”以来，累计投资16.50亿元，装备3000台套综机设备，矿区采掘机械化程度达到97.33%，综采机械化程度99.45%，综采矿井全部建成行业特级高产高效矿井，3个综采队年产600万吨以上，综采单产连续11年保持全行业立井第一名。
三是加快煤化工核心技术研发。发挥鲁南化肥厂技术研发、人才培养和产品深加工“三个基地”作用，以煤炭气化、液化等关键技术研发为重点，大力培育具有自主知识产权的煤化工核心技术。承担并完成煤炭间接液化、新型水煤浆气化、燃气发电联产甲醇3项国家“863”课题研发任务。煤炭间接液化低温费托合成技术中试成功，8项技术获国家专利，达到国内领先、国际先进水平；高温费托合成技术完成实验室研究，中试装置4月13日开工建设。中试成功粉煤加压气化技术，成为国际上唯一同时拥有水煤浆气化和粉煤气化技术的企业。开展“煤气化发电与甲醇联产系统关键技术”研究，建设年产24万吨甲醇和80MW燃气发电的煤基多联产系统示范装置，在发电、甲醇等多产品联产和煤炭洁净利用方面发挥了重要示范作用。
四是加强自主知识产权保护。积极做好技术专利申请。“十五”以来，申请专利105项，获国家专利82项，“低位放顶煤液压支架”被评为山东省十大专利发明；申请国外专利12项，3项获澳大利亚发明专利权。推动专利技术有偿转让。与英美资源公司签订输出放顶煤技术意向书。拥有自主知识产权的甲醇羰基合成制醋酸、新型水煤浆气化技术向大庆油田等单位有偿转让。年产20万吨醋酸技术向天津渤海化工公司天津碱厂转让。依法保护知识产权。打赢与英国BP公司的醋酸合成装置关键设备知识产权诉讼案，被美国联邦法院作为典型案例。
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