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环境保护是我国的一项基本国策，做好环境保护工作是实施可持续发展战略的关键。最近几年，审计署及各地方审计机关在围绕环境审计促进环境保护基本国策的落实和国家可持续发展战略的实施方面进行了积极的探索，并取得了一定成绩。
2003年6月，审计署成立了环境审计协调领导小组。2005年2月，领导小组提出了《关于2005年至2007年环境审计工作的意见》，为审计署各有关业务司在今后一段时间内在各
自专业审计领域内开展环境审计，规划了一个基本蓝图。
2005年，在领导小组的安排和组织下，各有关司结合各自专业审计项目积极安排环境审计内容。
经贸审计司在安排2005年企业审计工作时，提出了要关注企业污染防治情况和因决策不当等造成的环境污染、生态破坏等损害人民群众利益的问题，并具体组织西安特派办在这方面作了积极尝试。西安办审计组根据审计工作方案提出的环境审计的要求拟定了环境审计实施方案，确定对环保投资项目立项的评估与批准手续、排污费的提取与使用、石油开采对环境的影响、污染事故与防治、污染损害群众利益与补偿等进行环保专项审计。
外资运用审计司通过本司直接审计、组织特派办、委托国外贷援款审计服务中心和授权地方审计机关开展审计等方式，共审计了国外贷援款环境项目(包括子项目)400多个，其中，对蒙特利尔多边基金援助我国消耗臭氧层物质淘汰项目的审计，独立设计了审计报告模式和审计技术方法，受到蒙特利尔多边基金组织和世界银行专家的称赞，并将其作为经验在其他国家和地区的同类项目中推广。
固定资产投资审计司在组织实施的投资审计项目工作方案中明确提出，要分析项目环境效益是否达到预定效果。按此要求，在公路建设项目审计中，部分特派办对公路建设的项目环境影响作出了评价。
经济责任审计司明确要求各地在实施对党政领导干部和国有及国有控股企业领导人经济责任审计时，强化环境审计意识，积极探索建立环境审计评价指标，以完善经济责任审计评价指标体系。在审计署对某省政府主要领导人的经济责任审计中，审计组肯定了政府在环境保护方面所做的大量工作，也指出了污染物排放总量与其控制指标还有差距等问题。
农业与资源环保审计司继续探索了环境效益审计路子。在“三河一湖”水污染防治资金审计调查报告中，着重反映了水污染防治规划目标实现、相关政策与措施落实和污染物排放总量控制制度执行等情况，并由此对环境政策实施效果进行了评价。在组织实施青藏铁路环境保护资金使用情况专项审计调查中，以“环评报告”和建设项目总概算为效益审计依据，检查资金的使用效益和各项环保措施完成后的环境效益，尝试了对重点建设项目进行环境效益评价的做法。
各地方审计机关近几年积极探索环境审计，也取得了一定的成绩。四川、陕西、广西等省(区)审计厅开展了对退耕还林工程的审计，贵州省审计厅开展了对天然林资源保护工程的审计，天津市审计局开展了对京津风沙源治理工程等的审计，山西省审计厅开展了对大气污染治理的审计，云南省审计厅开展了对滇池水污染防治专项资金管理使用情况的审计，河南、江苏、山东等省审计厅参加了对重点流域水污染防治资金的审计，海南省审计厅开展了对医疗废物无害化处置管理与收费情况的审计调查。
各地方审计机关在积极探索环境审计的同时，对环境审计的组织模式和方法也进行了探索。北京市审计局针对环境保护资金涉及行业多范围广，大多数业务处室的审计范围都包含了环境保护资金的情况，积极探索环境审计的组织模式。2002年由农业与资源环保审计分局牵头，各业务处室和区、县审计局协同参加，调查市财政2001年安排用于环保项目的多方面资金，体现了“大环保”的特点。上海市审计局针对环境效益量化指标缺乏的情况，2003年在对林业资金进行审计时尝试对工程效益进行评价。
环境审计促进了地方环境保护工作的开展。环境审计发现的问题引起了地方政府的高度重视，有效地促进了加强管理和提高效益。山西、内蒙古、青海等省(区)政府领导都针对审计发现环境保护工程中的问题作出批示，要求有关部门和单位认真整改；浙江省环保局、财政厅针对环境审计发现环保资金使用中存在的问题，联合发出了《关于进一步加强排污费收支管理的通知》。
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